Theo đó, Hội đồng xét xử (HĐXX) tuyên phạt bị cáo Phan Minh Tân mức án 5 năm tù.
4 đồng phạm với bị cáo Tân bị phạt mức án từ 2 năm tù treo đến 3 năm tù giam.
Liên quan vụ án, trong thời gian chờ xét xử, bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long - cựu Trưởng phòng Quản lý công nghệ, Sở KHCN TPHCM - đã bỏ trốn, đang bị truy nã. HĐXX cho rằng, bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long có thái độ ngoan cố, không chấp hành quy định pháp luật nên cần phải xử lý nghiêm, từ đó HĐXX tuyên phạt bị cáo mức án 10 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, HĐXX yêu cầu các bị cáo phải liên đới bồi thường số tiền hơn 22 tỉ thiệt hại trong vụ án. Bên cạnh đó, HĐXX đánh giá trong vụ án này, do ông Nguyễn Trọng Vũ - Giám đốc Công ty Cổ phần đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng là người trực tiếp vay tiền thực hiện 2 dự án nhưng không hoàn thành và bỏ trốn, vì vậy sau khi hoàn thành việc khắc phục hậu quả, các bị cáo có quyền khởi kiện ông Vũ ở một vụ án khác để đòi lại khoản tiền đã nộp.
HĐXX nhận định, căn cứ vào hồ sơ vụ án và kết quả thẩm vấn tại phiên tòa, đã có đủ căn cứ để xác định các bị cáo phạm vào tội vi phạm quy định về sử dụng vốn đầu tư công gây hậu quả nghiêm trọng. Vì vậy, cáo trạng truy tố các bị cáo là đúng người đúng tội.
Theo cáo trạng, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ TPHCM được thành lập theo quyết định của UBND TPHCM là tổ chức tài chính hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, có chức năng thúc đẩy ứng dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, chuyển giao công nghệ của thành phố... Bộ máy quản lý và điều hành do bị cáo Phan Minh Tân làm Chủ tịch.
Công ty Cổ phần đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng (Công ty Huy Hoàng) do Nguyễn Trọng Vũ (sinh năm 1958, Việt kiều Mỹ) làm Giám đốc và là người đại diện pháp luật.
Trong khoảng thời gian từ tháng 8 - 11.2009, lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, Phan Minh Tân và các đồng phạm đã làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý và sử dụng vốn đầu tư công trong việc xét duyệt vay và hỗ trợ cho Công ty Huy Hoàng thực hiện 2 dự án không đúng quy định, gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngân sách Nhà nước.
Cụ thể, Phan Minh Tân cùng đồng phạm trong quá trình thẩm định, xét duyệt hỗ trợ vốn và cho Công ty Huy Hoàng vay để thực hiện cùng một lúc 2 dự án, đã cố ý làm trái các quy định của pháp luật.
Cáo trạng xác định, bị cáo Phan Minh Tân và các đồng phạm phải chịu trách nhiệm với số tiền gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước hơn 22,6 tỉ đồng.
Nguyễn Trọng Vũ là người thụ hưởng số tiền quỹ do Sở KHCN TPHCM giải ngân, bị khởi tố về tội “Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản” nhưng đã bỏ trốn. Cơ quan An ninh điều tra Công an TPHCM đã ra quyết định truy nã; đến tháng 4.2017, tạm đình chỉ điều tra để khi nào bắt được sẽ xử lý sau.