Liên quan vụ án, trong thời gian chờ xét xử, bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long - cựu Trưởng phòng Quản lý công nghệ, Sở Khoa học và Công nghệ TPHCM - đã bỏ trốn, đang bị truy nã. Đây là vụ án thuộc diện Ban Chỉ đạo phòng, chống tham nhũng, tiêu cực TPHCM theo dõi, chỉ đạo.
Theo cáo trạng, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ TPHCM là tổ chức hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, có chức năng thúc đẩy ứng dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, chuyển giao công nghệ của TPHCM. Hội đồng quản lý của quỹ trên gồm 6 thành viên do Phan Minh Tân làm chủ tịch; cơ quan điều hành của quỹ là Quỹ Đầu tư phát triển đô thị TPHCM (HIFU).
Tháng 8.2009, Nguyễn Trọng Vũ - Giám đốc Công ty Đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng (Công ty Huy Hoàng, chuyên sản xuất chip) - có công văn gửi Sở Khoa học và Công nghệ TPHCM đề nghị hỗ trợ kinh phí từ ngân sách sự nghiệp khoa học với số tiền 5,1 tỉ đồng để thực hiện dự án 1.
Sau khi hội đồng xét duyệt dự án do Phan Minh Tân làm Chủ tịch thẩm định và thông qua, Công ty Huy Hoàng được hỗ trợ 4,9 tỉ đồng, thời hạn 18 tháng. Tiến độ cấp kinh phí được chia thành 3 đợt.
Sau khi nhận kinh phí, Công ty Huy Hoàng không hoàn thành được dự án, cũng không hoàn trả kinh phí phải thu hồi. Theo kết luận giám định, dự án 1 gây thiệt hại gần 3,2 tỉ đồng.
Song song dự án trên, tháng 9.2009, Nguyễn Trọng Vũ tiếp tục có công văn gửi Sở Khoa học và Công nghệ TPHCM đề nghị vay 10 tỉ đồng để thực hiện dự án 2.
Sau các bước thẩm định, xét duyệt, đầu năm 2010, bị cáo Tân đã ký văn bản kết luận dự án đạt yêu cầu, đồng ý cho vay dù có nhiều ý kiến phản đối cho rằng, dự án không khả thi, đồng thời đề nghị xem xét lại nguồn vốn của Công ty Huy Hoàng.
Tháng 4.2019, HIFU ký hợp đồng cho Công ty Huy Hoàng vay 10 tỉ đồng, thời hạn 48 tháng, lãi suất 0%, tiến độ giải ngân chia thành nhiều đợt. Tuy nhiên, sau khi nhận giải ngân đợt 3, ngày 13.5.2011, Nguyễn Trọng Vũ xuất cảnh bỏ trốn về Mỹ.
Tính đến ngày 30.6.2021, thiệt hại của dự án 2 được xác định là 19,5 tỉ đồng gồm gốc lẫn lãi.
Cũng theo cáo trạng, bị cáo Tân và đồng phạm bị cáo buộc gây thiệt hại cho cả hai dự án tổng số tiền hơn 22,6 tỉ đồng.
Trong quá trình điều tra, bị cáo Tân thừa nhận biết Công ty Huy Hoàng không đủ năng lực tài chính và còn hạn chế, nhưng xét thấy lĩnh vực sản xuất chip điện tử đang được Nhà nước khuyến khích nên ủng hộ.
Tuy nhiên, bị cáo Tân và các đồng phạm không thừa nhận hành vi phạm tội vì cho rằng, việc xét duyệt cho vay là đúng quy định.
Đối với Nguyễn Trọng Vũ, Cơ quan an ninh điều tra Công an TPHCM đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can về tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản, đồng thời ra quyết định truy nã đối với Vũ. Đến tháng 4.2017, cơ quan điều tra tạm đình chỉ điều tra, khi nào bắt được Vũ sẽ xử lý.
