Theo Tổng cục Khí tượng Thủy văn (Bộ Tài nguyên và Môi trường), tổng lượng dòng chảy trong những tháng mùa khô 2020-2021 từ thượng nguồn sông Mê Kông về Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) ở mức thiếu hụt từ 20-35% so với trung bình nhiều năm, tình trạng thiếu nước, xâm nhập mặn sẽ diễn ra sớm và gay gắt trong mùa khô 2020-2021.
Tuy nhiên, dự báo khí quyển khả năng chuyển sang trạng thái pha lạnh (La Nina) vào các tháng cuối năm 2020 và đầu năm 2021, nên lượng mưa trong các tháng mùa khô tại vùng ĐBSCL có khả năng cao hơn trung bình nhiều năm và xuất hiện các đợt mưa trái mùa nên tình hình hạn hán, xâm nhập mặn ở ĐBSCL có khả năng ít khốc liệt hơn năm 2019.
Cụ thể, cảnh báo chiều sâu xâm nhập mặn (4g/l) tại các cửa sông có khả năng như sau: Sông Vàm Cỏ Đông thấp hơn năm 2016 và 2020; Sông Vàm Cỏ Tây tương đương năm 2016 nhưng thấp hơn năm 2020;
Sông Cửa Tiểu sâu hơn năm 2016, thấp hơn năm 2020;
Sông Cửa Đại sâu hơn năm 2016 nhưng thấp hơn 2020;
Sông Hàm Luông tương đương năm 2016, thấp hơn năm 2020;
Sông Cổ Chiên sâu hơn năm 2016, thấp hơn năm 2020;
Sông Hậu và sông Cái Lớn thấp hơn 2016 và 2020.
Thời gian xâm nhập mặn ở cửa sông Cửu Long có thể xuất hiện sớm từ khoảng đầu tháng 12.2020, trong đó xâm nhập mặn cao tập trung vào tháng 2.2021 (từ 10-14.2, từ 24-28.2.2021), tháng 3 (từ 12-16.3, từ 25-29.3.2021); riêng các sông Vàm Cỏ, sông Cái Lớn vào tháng 3, tháng 4 (từ 10-14.4.2021, từ 24-28.20214).
Do thiếu hụt nguồn nước dẫn đến mực nước trên sông và các kênh rạch ở mức thấp, nguy cơ cao xảy ra sạt lở bờ sông và các kênh rạch trong thời gian này, đặc biệt là trên các sông chính.
Trường hợp cực đoan, mưa trái mùa xảy ra ít, kết hợp với việc sử dụng, khai thác tài nguyên nước trên các dòng nhánh và trữ nước tại các đập vùng thượng nguồn gia tăng, tình trạng hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn ở ĐBSCL sẽ diễn ra tương tự mùa khô năm 2019-2020 và có thể còn gay gắt hơn.
Tình hình hán hán, xâm nhập mặn trong mùa khô 2020-2021 sẽ ảnh hưởng rất lớn đến đời sống sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp, thủy sản và diện tích trồng cây ăn trái ở đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt tại các huyện: Thủ Thừa, Bến Lức, Tân Trụ, Cần Đước, Cần Giuộc (Long An); huyện Tân Phước, Châu Thành, Gò Công Đông, Gò Công Tây, Tân Phú Đông (Tiền Giang); Ba Tri, Giồng Trôm, Thạnh Phú, Chợ Lách (Bến Tre); huyện Trà Ôn, Vũng Liêm, Mang Thít, Long Hồ, Tam Bình (Vĩnh Long); huyện Trà Cú, Châu Thành (Trà Vinh)...