Trong đó, nhiều DN có vốn ĐTNN lợi dụng chính sách ưu đãi đầu tư để thực hiện chuyển giá, chuyển lợi nhuận. Ví dụ năm 2016, doanh thu của DN có vốn đầu tư nước ngoài tăng 21,7% so với năm trước, cùng mức độ, tốc độ tăng tài sản, vốn chủ sở hữu... cho thấy hoạt động sản xuất kinh doanh của các DN này thuận lợi. Song khi hiệu quả ở mức cao (tỉ suất lợi nhuận trước thuế trên vốn chủ sở hữu là 16,3% và tỉ suất lợi nhuận ròng trên tổng tài sản là 5,82%), thì số DN có vốn ĐTNN báo lỗ trong vòng 4 năm từ 2012-2016, ngày tăng dần; năm 2015 là 51% và năm 2016 là 50%.
Ông Bùi Ngọc Tuấn - Phó Tổng Giám đốc Tư vấn thuế Deloitte Việt Nam - cho rằng, Việt Nam là quốc gia có thuế suất thu nhập DN thấp. Hiện tượng chênh lệch thuế so với các nước khác dễ nảy sinh hiện tượng các DN chuyển lợi nhuận, để hưởng lợi lớn hơn. Theo ông Tuấn, đối với việc quản lý giao dịch liên kết liên quan đến giá chuyển nhượng, Việt Nam đã theo sát những khuyến nghị của Tổ chức Hợp tác và Phát triển Kinh tế (OECD) và cũng tham gia vào chương trình hành động chống “Xói mòn cơ sở thu thuế và chuyển lợi nhuận” bằng việc ban hành các chính sách cụ thể, như Nghị định 20 quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Đồng tình với quan điểm cho rằng chuyển giá là hiện tượng tự nhiên, tuy nhiên, bà Nguyễn Vân Chi - Uỷ viên Thường trực Uỷ ban Tài chính Ngân sách - cho rằng, cần phải làm rõ đâu là những hoạt động chuyển giá đúng quy định và đâu là chuyển giá nhằm trốn thuế.
Đó là mấu chốt, vì vậy đại diện Vụ Thanh tra, Tổng cục Thuế (Bộ Tài chính) đặt vấn đề, hiện thời hạn thanh tra giá chuyển nhượng ở các nước thường kéo dài, tuy nhiên tại Việt Nam, để tránh gây phiền hà cho DN trong quá trình sản xuất kinh doanh, Luật Quản lý thuế quy định mỗi cuộc thanh tra dài nhất cũng chỉ trong 70 ngày. Đó là một hạn chế, đòi hỏi cần phải có quy định mới phù hợp hơn.