Những năm gần đây, diện tích cây sầu riêng được nhân lên, nhiều địa phương đã hình thành các vùng chuyên canh tập trung để dễ dàng áp dụng các tiến bộ kỹ thuật, chăm sóc, bón phân cân đối, quản lý dịch bệnh tốt nên cho năng suất cao và ổn định.
Tuy nhiên, sầu riêng cũng như các loại cây ăn trái lâu năm khác, có trái ngon thì cũng thường bị các loại sâu bệnh tấn công. Để phòng trừ sâu bệnh cho cây sầu riêng có hiệu quả, trước hết bà con nông dân cần hiểu các đặc điểm phá hoại của từng loại sâu bệnh, để có cách phòng trị khác nhau. Bà con đều biết cây trồng nói chung và cây sầu riêng có rất nhiều loại sâu bệnh, nhưng lại khó trừ và gây thiệt hại nhiều nhất là do bệnh nấm phytophtora gây ra. Bệnh này, sẽ làm cho cây sầu riêng thối rễ, thối cành, thối quả, hư đọt, nguồn bệnh chủ yếu lưu tồn trong đất và lây lan nhanh khi có mưa. Do đó, việc áp dụng hệ thống canh tác hợp lý là phương thức phòng trừ bệnh có hiệu quả kinh tế nhất.
Hệ thống này bao gồm trồng giống khỏe, mật độ thích hợp, vệ sinh vườn sạch sẽ, tỉa cành tạo tán thoáng, xử lý đất tốt, phát hiện bệnh sớm, hạn chế tối đa dùng thuốc hoá học. Nếu bắt buộc phải dùng thuốc thì cần kết thúc sớm trước khi thu hoạch, tránh để dư các chất như antraquinone, biphenyl, carbendazim... Bên cạnh đó, việc sử dụng phân bón cân đối, đầy đủ cũng là biện pháp rất quan trọng, giúp cây khỏe, chống chịu với sâu bệnh. Bà con nên sử dụng các loại phân chuyên dùng cho cây sầu riêng hoặc các loại phân N-P-K+TE kèm theo phân Caliche, sunpomat của Bình Điền để cải tạo đất, tăng sức đề kháng cho cây, giúp phục hồi rễ cây.
Mọi loại cây ăn trái, trong đó có cây sầu riêng phải đạt tiêu chuẩn an toàn nên phòng ngừa là chính; khi cần thiết mới trị và nên dùng các chế phẩm sinh học để đảm bảo an toàn cho người tiêu dùng.