Trong hồ sơ dự kiến thành lập Khu Bảo tồn thiên nhiên, hơn 152,6ha có rừng giao cho Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh quản lý theo quy định, không bố trí dự thảo quy hoạch Khu Bảo tồn thiên nhiên Cù Lao Chàm.
Riêng với 223,7ha phần đất quy hoạch cho mục đích an ninh - quốc phòng, dự thảo quy hoạch Khu Bảo tồn thiên nhiên Cù Lao Chàm giao Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Cù Lao Chàm quản lý đất rừng.
Phần diện tích hơn 111,3ha đang là đất rừng tự nhiên sẽ thuộc phạm vi quy hoạch Khu Bảo tồn thiên nhiên Cù Lao Chàm để thực hiện quản lý, phục hồi, đảm bảo tính liên kết, liên tục hệ sinh thái dưới nước và trên bờ.
Đối với khu vực Bãi Bắc, Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển Cù Lao Chàm xây dựng kế hoạch phục hồi, khai thác, sử dụng hợp lý để bảo tồn, phát triển hệ sinh thái thảm cỏ biển và san hô tại khu vực này.
Năm 2005, UBND tỉnh Quảng Nam ban hành Quy chế quản lý Khu bảo tồn biển đối với Cù Lao Chàm, với tổng diện tích 23.500ha, bao gồm 7 hòn đảo và phần mặt biển xung quanh.
Cù Lao Chàm hiện có hơn 1.035 loài động, thực vật sinh sống trên đảo và 1.309 loài sinh vật biển, trong đó có rất nhiều loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo tồn ở Việt Nam và trên thế giới.
Với sự phong phú đa dạng sinh vật như vậy, tháng 5.2009, Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên Hiệp quốc (UNESCO) đã công nhận Cù Lao Chàm là vùng lõi của Khu dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm - Hội An.
