Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, Trung tâm Công nghệ sinh học TPHCM làm chủ đầu tư dự án 12 phòng thí nghiệm. Biết được điều này, Chủ tịch Công ty AIC đã gặp Giám đốc Trung tâm - bị can Dương Hoa Xô tạo điều kiện để doanh nghiệp tham gia thực hiện dự án.
Sau khi dự án và kế hoạch lựa chọn nhà thầu được phê duyệt, năm 2015, theo chỉ đạo, Trần Mạnh Hà - Phó Tổng Giám đốc AIC và Trần Đăng Tấn - Trưởng văn phòng AIC tại TPHCM đến gặp, bàn bạc, thống nhất với ông Dương Hoa Xô cho Công ty AIC được xây dựng lại danh mục thiết bị để đảm bảo AIC được lợi nhuận tương đương khoảng 40% giá trị mỗi gói thầu.
Thời điểm đó, ông Nguyễn Xuân Vũ - Chủ tịch HĐQT Công ty CP Công nghệ cao Gene Việt (Công ty Gene Việt) thông qua mối quan hệ cá nhân đã đến gặp, trao đổi với Chủ tịch AIC xin được làm nhà thầu phụ tại một số gói thầu của dự án.
Chủ tịch AIC sau đó đưa ra điều kiện rằng: Công ty AIC thực hiện việc ngoại giao và chi phí; Công ty Gene Việt chịu trách nhiệm phần chuyên môn (mua hàng, bàn giao, lắp đặt, hướng dẫn vận hành, bảo hành bảo trì) và phải đảm bảo mức lợi nhuận cho AIC tương đương 40% giá trị mỗi gói thầu.
Bên cạnh đó, Công ty Gene Việt giới thiệu đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu để Liên danh Công ty AIC - Gene Việt đàm phán với các nhà cung cấp giảm giá.
Do mới thành lập, chưa đủ năng lực để tham gia dự thầu nên các thành viên Công ty Gene Việt thống nhất sử dụng pháp nhân Công ty Việt Á (Công ty Việt Á có 10% vốn góp trong Công ty Gene Việt) đại diện đứng tên liên danh và thực hiện các hoạt động đấu thầu giai đoạn 1 của dự án với Công ty AIC.
Khi đó Phan Quốc Việt đã chỉ đạo cấp dưới là Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Lê Hữu Lễ, Trưởng phòng kinh doanh và ông Bạch Quốc Chính, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Y dược phẩm Vimedimex đứng tên thay gói thầu số 4, giai đoạn 2.
Cùng với đó, bị can Trần Mạnh Hà yêu cầu Gene Việt tìm đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu đảm bảo cho liên danh Công ty AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng thầu, tránh bị hủy thầu.
Phan Quốc Việt sau đó chỉ đạo Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Trần Vinh Vũ, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần tư vấn đầu tư và xây dựng Hồng Hà (Công ty Hồng Hà) để Trung tâm chỉ định làm đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu.
Quá trình đấu thầu, Trần Mạnh Hà, Phan Quốc Việt, Đồng Sỹ Huy, Võ Anh Triết đã chỉ đạo nhân viên Công ty Việt Á, Công ty AIC thiết lập các công ty “quân xanh” thuộc nhóm Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á - Công ty AIC mua hồ sơ mời thầu và nộp hồ sơ dự thầu để đảm bảo cho liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng thầu 3 gói thầu 2, 3, 4 giai đoạn 1 của dự án.
Cáo buộc chỉ ra rằng, ông Võ Anh Triết đã liên hệ, đề nghị Công ty Hồng Hà làm đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu các gói thầu giai đoạn 1 của dự án.
Khi đó, ông Vũ đã đồng ý để Trung tâm trên chỉ định thầu làm đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu. Quá trình đó, ông Vũ thành lập tổ tư vấn nhưng không ai tham gia lập hồ sơ mời thầu các gói thầu 2, 3, 4 giai đoạn 1 của dự án.
Theo đề nghị của Võ Anh Triết và được sự đồng ý của Trung tâm, ông Vũ đưa vào hồ sơ mời thầu các tiêu chí để tạo lợi thế cho Liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex gồm: Các yêu cầu về giá trị hợp đồng tương tự; số lượng nhân sự cao hơn mức tối thiểu quy định...
Hậu quả, nhà nước bị thiệt hại hơn 61 tỉ đồng ở 3 gói thầu (số 2, 3 và 4).
