Kết luận thanh tra cho thấy, Ban quản lý khu công nghệ cao quản lý trật tự xây dựng theo quy hoạch và sau cấp phép xây dựng đối với một số chủ đầu tư dự án, công trình còn chưa chặt chẽ, kịp thời, để xảy ra tình trạng xây dựng sai phép chậm khắc phục (Nhà máy Jabil Việt Nam, Công ty TNHH MTV Công nghệ cao Điện Quang, Tổng Công ty Công nghiệp Sài Gòn TNHH Một thành viên).
Ban Quản lý SHTP cũng không có biện pháp hiệu quả nhằm buộc nhà đầu tư của 20 dự án phải thỏa thuận ký quỹ sau khi được thuê đất là không thực hiện đúng quy định tại khoản 1, 2 Điều 27 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư năm 2014.
Việc cho thuê đất không phù hợp với quy hoạch xây dựng đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt, trong đó có 7 dự án còn hiệu lực đến thời điểm thanh tra gồm: Dự án Trung tâm phân tích thí nghiệm và văn phòng Viện Dầu khí Việt Nam tại TPHCM; Dự án đầu tư xây dựng Công viên Thiên niên kỷ; Dự án Nghiên cứu và sản xuất các thiết bị chiếu sáng, chip led siêu sáng và thiết bị điện tử CNC; Dự án Hệ thống giám sát và điều khiển Hải Nam; Dự án Nhà máy sản xuất thiết bị điện cho ngôi nhà thông minh và điện dân dụng; Dự án Đầu tư xây dựng siêu thị, nhà hàng, nhà trẻ trong Khu Công nghệ cao và Dự án tuyến xe buýt năng lượng sạch nội khu CNC.
Ban Quản lý SHTP, thiếu đôn đốc kiểm tra để chủ đầu tư của 33 dự án chậm đưa đất vào sử dụng, thấp nhất là 1 tháng, nhiều nhất là 63 tháng (tính đến thời điểm tháng 7.2021), trong đó có 3 đơn vị sử dụng đất không đúng mục đích theo giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được cấp. Ký hợp đồng cho thuê đất thu tiền một lần cho cả thời gian thuê không đúng đối tượng, không đúng hình thức pháp luật quy định; thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê bất hợp lý, không lập phương án giá đất sát giá thị trường để thẩm định, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định.
Không sử dụng đúng phương pháp giá vốn khi tổng hợp chi phí đầu tư để xác định giá cho thuê đất, tự loại trừ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng, chi phí rà phá bom mìn và dự phòng phí khi trình UBND TP ban hành quyết định về giá cho thuê đất trong khu Công nghệ cao nhằm thu hút đầu tư, thực hiện mục tiêu tập trung công nghệ cao trực tiếp nước ngoài để chuyển giao công nghệ nhưng làm ảnh hưởng đến việc hoàn trả vốn đầu tư từ ngân sách nhà nước.
Ngoài ra, Ban quản lý SHTP còn 10/24 nội dung chưa thực hiện xong theo Thông báo kết quả kiểm toán số 408/TB-KTNN năm 2018 của Kiểm toán Nhà nước. Trong đó, chưa nộp ngân sách nhà nước số tiền hơn 58 tỉ đồng, chưa truy thu tiền thuê đất đối với dự án Trường đại học Fulbright Việt Nam 241,7 tỉ đồng.
Từ những vi phạm đã được chỉ ra, Chánh Thanh tra TPHCM kiến nghị và đã được Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi cơ bản thống nhất và chỉ đạo xử lý. Trong đó, UBND thành phố giao Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tiếp nhận hồ sơ, chủ trì phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài chính kiểm tra, làm rõ đối với 28 dự án đầu tư có sử dụng đất nhưng không thuộc diện ưu đãi đầu tư đã được Ban Quản lý SHTP cho thuê đất không qua hình thức đấu giá quyền sử dụng đất với tổng diện tích hơn 1,4 triệu m2. Trường hợp xác định có dấu hiệu vi phạm hình sự, gây thiệt hại nhà nước thì chuyển Thanh tra thành phố lập thủ tục chuyển cơ quan điều tra thụ lý giải quyết theo quy định pháp luật.
