Theo Khoản 2 Điều 7 Thông tư 29/2020/TT-BQP quy định nhiệm vụ của Chính trị viên phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã như sau:
Chức trách, nhiệm vụ và mối quan hệ công tác của chính trị viên phó: Chịu trách nhiệm trước chính trị viên, chỉ huy trưởng ban chỉ huy quân sự cấp xã về nhiệm vụ được phân công; thay thế chính trị viên khi được cấp có thẩm quyền giao.
Tham mưu, đề xuất và giúp chính trị viên, chỉ huy trưởng ban chỉ huy quân sự cấp xã lập kế hoạch công tác đảng, công tác chính trị trong thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự ở cấp xã.
Về mối quan hệ công tác: Quan hệ với chính trị viên, chỉ huy trưởng ban chỉ huy quân sự cấp xã là quan hệ giữa cấp dưới và cấp trên;
Quan hệ với phó chỉ huy trưởng ban chỉ huy quân sự cấp xã là quan hệ phối hợp công tác;
Quan hệ với người chỉ huy đơn vị dân quân thuộc quyền quản lý là quan hệ cấp trên với cấp dưới. Quan hệ với người chỉ huy đơn vị Dân quân tự vệ không thuộc quyền quản lý là quan hệ phối hợp công tác.
Theo đó, Chính trị viên phó Ban chỉ huy quân sự cấp xã thực hiện những nhiệm vụ tham mưu, đề xuất và giúp chính trị viên, chỉ huy trưởng ban chỉ huy quân sự cấp xã lập kế hoạch công tác đảng, công tác chính trị trong thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự ở cấp xã.