Chủ nhiệm Uỷ ban Pháp luật Nguyễn Khắc Định cho biết, mô hình tổ chức chính quyền địa phương ở đặc khu được chỉnh lý đảm bảo phù hợp với quy định của Hiến pháp, kết luận của Hội nghị Trung ương và ý kiến chỉ đạo của Bộ Chính trị.
Dự thảo sau khi được chỉnh lý gồm 6 chương, 88 điều và 6 phụ lục. Số lượng đại biểu HĐND đặc khu không quá 15 người.
Để tăng cường kiểm soát đối với hoạt động của các cơ quan chính quyền địa phương ở đặc khu, đặc biệt là trong việc thực hiện những nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan nhà nước cấp trên được luật này phần quyền cho chủ tịch UBND đặc khu, dự thảo luật bổ sung quy định thiết lập cơ chế kiểm soát đặc thù của Trung ương đặt tại từng đặc khu thông qua ban tư vấn, hỗ trợ phát triển đặc khu do Thủ tướng Chính phủ thành lập.
Trong phần thảo luận, một trong những nội dung nhận được nhiều ý kiến là việc tổ chức cấp chính quyền địa phương và nên hay không nên có ban tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu.
Về vấn đề này, nhiều đại biểu đã bày tỏ ý kiến băn khoăn. Phó Trưởng đoàn chuyên trách Đoàn ĐBQH tỉnh Kon Tum Tô Văn Tám cho rằng, cấp chính quyền địa phương đã có giám sát có từ HĐND, cấp tỉnh, Quốc hội, các tổ chức chính trị xã hội... Nếu thêm ban tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu thì vô hình trung làm mất tính chủ động, thêm sự ràng buộc với UBND và Chủ tịch UBND. Do đó, không cần thiết có ban này.
Còn Trưởng Đoàn ĐBQH chuyên trách tỉnh Quảng Ninh Đỗ Thị Lan bày tỏ quan điểm chưa đồng tình với quy định ban tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu. Đơn cử như việc nếu Chủ tịch UBND đặc khu không đồng ý với ý kiến của ban tư vấn thì phải giải trình bằng văn bản nói rõ lý do. Đây là bước có thể sẽ kéo lùi, làm chậm thực hiện nhiệm vụ của Chủ tịch UBND và UBND đặc khu.
Đại biểu Bùi Sỹ Lợi – Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Thanh Hóa cũng bày tỏ quan điểm cho rằng ban tư vấn này là chưa phù hợp. “Chúng ta đã có HĐND, cơ quan giám sát quyền lực vấn đề này. Cái thứ 2 là cái quan trọng nhất là hậu quả pháp lý thì ban tư vấn này có chịu trách nhiệm không rõ trong quy định này, cho nên về quan điểm cá nhân tôi cho rằng nên bỏ ban này”, đại biểu Lợi nói.