Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Đồng Nai cũng đề nghị truy tố đối với các bị can: Phan Văn Thanh - nguyên Trưởng phòng Kế toán; Đặng Minh Thư - nguyên Phó trưởng phòng Đào tạo; Lê Thị Hoài Lan - nguyên Trưởng bộ môn Quản lý giáo dục; Dương Minh Hiếu - nguyên Phó trưởng phòng Khảo thí và đảm bảo chất lượng về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Theo kết luận điều tra, từ năm 2009-2019, với vai trò hiệu trưởng, bị can Trần Minh Hùng đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo cấp dưới theo dõi thu, chi để ngoài sổ kế toán, không báo cáo tài chính hàng năm với tổng số tiền hơn 69,8 tỉ đồng. Hành vi này của Trần Minh Hùng đã gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước gần 1,6 tỉ đồng và gây thiệt hại cho Trường Đại học Đồng Nai gần 12 tỉ đồng.
Trong vụ án này, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Đồng Nai còn đề nghị truy tố bị can Võ Thị Ngọc Dung, nguyên kế toán về tội tham ô tài sản.
Theo cơ quan Công an, từ năm 2010 đến tháng 6.2021, Trường Đại học Đồng Nai tổ chức các khóa hệ đào tạo đại học liên thông, vừa học vừa làm.
Võ Thị Ngọc Dung đã thu hơn 29,8 tỉ đồng, nhưng chỉ nộp lại cho nhà trường hơn 26,8 tỉ đồng, chiếm đoạt số còn lại gần 3 tỉ đồng.