Theo cáo trạng, bị cáo Khoa từ tháng 3.2020 – tháng 2.2021 đã giúp Đào Ngọc Viễn ký kết hợp đồng lao động, quản lý nhân sự và thanh toán tiền lương cho thuyền trưởng và các thuyền viên của 2 tàu Pacific Ocean và tàu Western Sea, nắm lộ trình đi lại của 2 tàu thông qua Trần Văn Việt (thuyền trưởng tàu Pacific Ocean) và Lê Đình Hùng (thuyền trưởng tàu Western Sea).
Khoa trực tiếp chỉ đạo điều hành các hoạt động của 2 tàu trên sang Singapore nhận xăng và vận chuyển về Việt Nam bán theo sự chỉ đạo của Đào Ngọc Viễn và Phạm Hùng Cường.
Trước đó, để che giấu hành vi buôn lậu xăng, Đào Ngọc Viễn lấy danh nghĩa là giám đốc Công ty TNHH Đại Dương Hải Phòng ký hợp đồng cho Công ty TNHH đầu tư vận tải biển Thuận Phát do người anh họ của Viễn tên là Nguyễn Minh Khoa làm giám đốc - thuê 2 tàu Pacific Ocean và tàu Westem Sea. Sau đó Khoa ký hợp đồng cho 1 công ty Trung Quốc thuê lại để che giấu hoạt động khai thác. Công ty Trung Quốc này tên Shenzen không xác định được tên và địa chỉ kinh doanh.
Thực tế thì Viễn đã sử dụng 2 tàu Pacific Ocean và tàu Westem Sea để vận chuyển xăng nhập lậu về Việt Nam và giao cho Khoa ký kết hợp đồng lao động, quản lý nhân sự và thanh toán tiền lương cho 2 thuyền trưởng và các thuyền viên.
Theo cáo trạng, tổng số lượng xăng Ron95 mà nhóm Đào Ngọc Viễn, Phạm Hùng Cường (đã bỏ trốn) và Nguyễn Minh Khoa phạm tội ở cả 2 giai đoạn là hơn 200 triệu lít xăng. Trong đó, giai đoạn tham gia buôn lậu với Phan Thanh Hữu tại tỉnh Vĩnh Long là hơn 197 triệu lít và giai đoạn tham gia buôn lậu cùng bị can Nguyễn Minh Đức tại tỉnh Khánh Hoà là gần 6 triệu lít xăng.
Số tiền thu lợi bất chính của Khoa ở cả 2 giai đoạn là 100 triệu đồng và gia đình Khoa đã tự nguyện nộp thay cho Khoa để khắc phục hậu quả.
Tại phiên toà, bị cáo Khoa không đồng ý việc phải chịu trách nhiệm với toàn bộ hơn 200 triệu lít xăng nhập lậu ở cả 2 giai đoạn, mà bị cáo chỉ là người được hưởng tiền lương và tiền cho thuê tàu, ngoài ra bị cáo Khoa không được chia lợi nhuận. Số tiền 100 triệu đồng thu lợi bất chính, bị cáo Khoa cũng cho biết đã được gia đình nộp thay.
Cũng tại phiên toà, Hội đồng xét xử đã xét hỏi bị cáo Trần Văn Việt (thuyền trưởng tàu Pacific Ocean) và Nguyễn Tuấn Việt (thuyền phó tàu Pacific Ocean).
Theo cáo trạng, Trần Văn Việt (36 tuổi) được Khoa trả lương 30 triệu đồng/tháng và thưởng 30 triệu đồng/chuyến. Từ tháng 3.2020 đến tháng 5.2020, Việt được nhận 3 tháng lương với số tiền 90 triệu đồng. Tiền thưởng 14 chuyến là 420 triệu đồng, tổng là 510 triệu đồng. Còn Nguyễn Tuấn Việt (36 tuổi) là thuyền phó được Khoa trả 15 triệu đồng/tháng, thưởng 11 triệu đồng mỗi chuyến với tổng số tiền 199 triệu đồng.
Tại phiên toà, cả 2 bị cáo đều cho biết bản thân đi làm hưởng lương và thưởng. Phần tiền lương do bỏ công bỏ sức lao động ra. Do đó cần xác định tiền thu lợi bất chính chỉ là tiền thưởng chứ không phải tiền lương các bị cáo được nhận.
Ngoài ra, các bị cáo cho rằng, không biết việc vận chuyển xăng là trái phép bởi lẽ hồ sơ mua xăng đầy đủ các giấy tờ: Hóa đơn, giấy chứng nhận chất lượng, phiếu giao nhận hàng... đến khi bị bắt các bị cáo mới nhận thức được.
