Theo đề án sẽ tập trung thực hiện duy trì, củng cố, nâng cao hiệu quả hoạt động của khoảng 4.400 HTX đã được phân loại và đánh giá là có hiệu quả năm 2017. Đồng thời đưa ra mục tiêu thực hiện việc đẩy mạnh ứng dụng công nghệ cao để có trên 1.500 HTX ứng dụng công nghệ cao trong lĩnh vực nông nghiệp; nâng cao chất lượng hoạt động của các HTX nông nghiệp yếu, kém để phấn đấu có trên 5.400 HTX nông nghiệp hoạt động hiệu quả và thành lập mới và tạo điều kiện cho 5.200 HTX nông nghiệp hoạt động có hiệu quả. Đồng thời, xử lý dứt điểm việc giải thể, chuyển đổi sang loại hình khác đối với các HTX đã ngừng hoạt động trong năm 2018.
Đối với liên hiệp HTX, đề án xây dựng các mô hình điểm về liên hiệp HTX; phấn đấu có trên 50 liên hiệp HTX hoạt động hiệu quả. Lựa chọn các ngành hàng chủ lực của quốc gia và địa phương để thúc đẩy việc thành lập hợp tác xã chuyên ngành nhằm tổ chức lại sản xuất như lúa gạo, cà phê, mía đường, chè, điều, hồ tiêu... Trên cơ sở đánh giá hoạt động của liên hiệp HTX có hiệu quả để có giải pháp củng cố, nâng cao hiệu quả hoạt động. Lựa chọn một số hợp tác xã có cùng loại hình sản xuất hoặc các hợp tác xã có loại hình sản xuất khác nhau nhưng hỗ trợ có hiệu quả cho nhau trong quá trình sản xuất và tiêu thụ sản phẩm.
