Lý giải cho sự thay đổi này, Bộ Tài chính cho biết vấn đề cốt lõi là nhân sự. Cụ thể, phải tuyển dụng, bổ nhiệm, đào tạo những cán bộ có chuyên môn nghiệp vụ điều tra, am hiểu luật hình sự và tố tụng hình sự để có thể áp dụng trên thực tế, vấn đề này cần phải có thời gian và lộ trình để thực hiện.
Cũng theo Bộ Tài chính, chức năng điều tra, khởi tố nếu được bổ sung cho cơ quan Thuế cần phải có cơ chế quản lý, phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan để thực hiện nhiệm vụ mới này đồng thời, phải sửa đổi rất nhiều văn bản pháp luật phù hợp và đồng bộ trong hệ thống pháp luật để tránh chồng chéo hoặc tránh việc thoái thác nhiệm vụ giữa các cơ quan chức năng; tránh việc phình to bộ máy hành chính nhưng thiếu tính chuyên nghiệp, thiếu tính hiệu quả.
Mặt khác, hiện cơ quan Thuế đã và đang xây dựng, củng cố quy định pháp luật về việc phối hợp với các cơ quan ban ngành có liên quan để đấu tranh đối với những hành vi vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế. Theo đó, ngành thuế đã và đang tăng cường phối hợp với lực lượng điều tra của cơ quan cảnh sát điều tra của công an hoặc cơ quan điều tra của quân đội để đấu tranh đối với loại tội phạm này.
Từ các lý do nêu trên, Bộ Tài chính đề nghị trước mắt chưa bổ sung chức năng điều tra cho cơ quan Thuế để cơ quan Thuế có thời gian nghiên cứu kỹ hơn, lập kế hoạch thực hiện nhiệm vụ này theo lộ trình.
Trước đó, tại dự thảo Luật Quản lý thuế sửa đổi lần đầu tiên, Bộ Tài chính nhận định ở nước ta, cơ quan Thuế do chưa được giao quyền điều tra các hành vi tội phạm về thuế nên toàn bộ các vụ vi phạm có dấu hiệu hình sự đều chuyển vụ việc sang cơ quan điều tra để điều tra Bộ Công an, khởi tố vụ án.
Trong khi đó, theo đánh giá, tỷ lệ các vụ xử lý được còn thấp do hành vi vi phạm pháp luật về thuế phức tạp, đa dạng, diễn ra trên phạm vi rộng, có liên quan đến chứng từ, sổ sách, kế toán, thanh toán… nên tại dự thảo Luật Quản lý thuế sửa đổi, Bộ Tài chính đề xuất bổ sung thêm chức năng điều tra cho cơ quan thuế.
Ngành thuế hiện đang trong quá trình tinh giảm bộ máy. Cụ thể, trong đợt đầu tiên (từ 1.7.2018), ngành này thực hiện sáp nhập 192 chi cục thuế thành 90 chi cục thuế khu vực, giảm 102 chi cục; trước 1.9.2018, thực hiện sáp nhập 135 chi cục thuế thành 64 chi cục thuế khu vực, giảm 71 chi cục thuế.
Như vậy, trong năm 2018, ngành thuế sẽ sáp nhập 327 chi cục thuế quận, huyện, thị xã, thành phố thành 154 chi cục thuế khu vực, giảm 173 chi cục thuế.
