Khu vực Công viên địa chất Phú Yên nằm trên 7 huyện, thị xã, thành phố, gồm: TP Tuy Hòa, thị xã Sông Cầu, thị xã Đông Hòa, huyện Tuy An, một phần các huyện Phú Hòa, Tây Hòa, Sơn Hòa).
Tổng diện tích đất liền khoảng 1.927km2 và diện tích mặt nước vùng nội thủy khoảng 1.000km2 (tính từ bờ ra đến độ sâu khoảng 50m, bao gồm các đảo ven bờ).
Công viên địa chất Phú Yên sẽ được bảo tồn nguyên vẹn và khai thác, sử dụng hợp lý, bền vững, tổng thể các giá trị di sản địa chất, địa mạo, cảnh quan thiên nhiên, bản sắc văn hóa (vật thể, phi vật thể), đa dạng sinh học và được định hướng để xây dựng hồ sơ trình Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa của Liên hợp quốc (UNESCO) công nhận là Công viên địa chất toàn cầu UNESCO.
Trên cơ sở thành lập Công viên địa chất Phú Yên, UBND tỉnh Phú Yên giao cho Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh thành lập Ban quản lý Công viên địa chất Phú Yên để quản lý và điều phối các hoạt động liên quan đến Công viên địa chất Phú Yên.
Từ đó, đơn vị này sẽ xây dựng hồ sơ trình UNESCO công nhận là Công viên địa chất toàn cầu UNESCO ở tỉnh Phú Yên.
