11 tuyến thủy nội địa sẽ phân bố 3 tuyến ở sông Hàn, sông Vĩnh Điện, sông Cẩm Lệ, sông Túy Loan, sông Yên, sông Quá Giáng, sông Cu Đê, sông Cổ Cò.
Đối với cảng, bến hành khách đường thủy nội địa, dự kiến thành phố sẽ hình thành 11 vị trí cho tuyến du lịch sông Hàn; 5 vị trí cho tuyến du lịch sông Cu Đê - sông Trường Định; 13 vị trí cho tuyến du lịch sông Cổ Cò - Sông Cái (Sông Vĩnh Điện); 10 vị trí cho tuyến du lịch sông Cẩm Lệ - Sông Túy Loan - sông Yên; vịnh Đà Nẵng 4 vị trí.
Ngoài ra, có 19 vị trí trí cho tuyến du lịch xung quanh Bán đảo Sơn Trà; 2 vị trí để các tàu du lịch tránh trú bão.
Tuyến sông Hàn - sông Vĩnh Điện sẽ chuyển thành luồng địa phương khi đủ tiêu chí theo định hướng quy hoạch đường thủy nội địa quốc gia.
Thành phố cũng sẽ tập trung phát triển các tuyến vận tải hành khách thủy nội địa kết nối cảng Tiên Sa và cảng sông Hàn. Các tuyến vận tải hành khách từ cảng Tiên Sa đi vòng quanh bán đảo Sơn Trà, tuyến cảng Tiên Sa - khu du lịch Làng Vân - hòn Sơn Trà Con, tuyến cảng Tiên Sa - Cửa Đại - Cù Lao Chàm và các tuyến sông Cu Đê đi Hòa Bắc (huyện Hòa Vang).
Đồng thời, còn phát triển các tuyến vận tải hành khách đường biển phục vụ nhu cầu đi lại của người dân, kết hợp phát triển du lịch như tuyến Hạ Long - Đà Nẵng, Đà Nẵng - Thành phố Hồ Chí Minh, tuyến Huế - Thuận An - cảng Tiên Sa - cảng Sông Hàn, tuyến Đà Nẵng - Đảo Lý Sơn, tuyến Đà Nẵng - Cù Lao Chàm (Quảng Nam), tuyến Đà Nẵng - đảo Cồn Cỏ (Quảng Trị).
Ngoài ra còn có các tuyến vận tải hành khách đường biển quốc tế trực tiếp từ Mỹ, Canada, Úc, Ấn Độ, châu Âu, châu Á đến cảng biển Đà Nẵng.
