Cuối năm 2020, Chính phủ hỗ trợ tỉnh Quảng Trị 70 tỉ đồng từ nguồn dự phòng ngân sách Trung ương để khắc phục khẩn cấp hậu quả mưa lũ năm 2020. Sau đó, UBND tỉnh Quảng Trị giao Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị làm chủ đầu tư sửa chữa 7 công trình với số tiền hơn 13 tỉ đồng. Thời gian để thực hiện 7 công trình trên đến hết năm 2021.
Tuy nhiên, đến 31.12.2021, Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị chỉ mới hoàn thành và đưa vào sử dụng 3 công trình. 4 công trình còn lại chưa hoàn thành, đã nghiệm thu thanh toán hơn 4,1 tỉ đồng, chưa sử dụng hơn 7,7 tỉ đồng.
Đến năm 2022, UBND tỉnh Quảng Trị có nhiều văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ và các Bộ, ngành liên quan đề xuất xin kéo dài thời gian thực hiện, giải ngân nguồn vốn nói trên, nhưng đến nay vẫn chưa nhận được sự đồng ý.
Theo Thanh tra tỉnh Quảng Trị, 4 công trình chưa hoàn thành nói trên đều vi phạm tiến độ thực hiện hợp đồng. Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị không có phương án đôn đốc các nhà thầu khắc phục khó khăn, đẩy nhanh tiến độ thi công để kịp tiến độ hoàn thành trong năm 2021. Bên cạnh đó, khi hợp đồng thi công đã hết thời hạn nhưng không điều chỉnh tiến độ, không chấm dứt hợp đồng xây lắp theo quy định, để đơn vị thi công tiếp tục một số công việc trong năm 2022, gây nợ động xây dựng cơ bản…
Trước sai phạm nói trên, cuối tháng 9.2023, Thanh tra tỉnh Quảng Trị yêu cầu Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị phối hợp với các đơn vị liên quan rà soát, xác định khối lượng, giá trị đã thi công và kinh phí còn lại của các công trình chưa hoàn thành, quyết toán kinh phí đầu tư theo quy định.
Thanh tra tỉnh Quảng Trị đề nghị UBND tỉnh chỉ đạo Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với người đứng đầu do không hoàn thành nhiệm vụ được giao, để xảy ra các sai phạm trong chấp hành quy định pháp luật về quản lý đầu tư xây dựng.
Theo Công ty TNHH MTV Quản lý khai thác công trình thủy lợi Quảng Trị, nguyên nhân khiến 4 công trình thủy lợi thi công không kịp trong năm 2021 là do tình hình thời tiết mưa bão, vừa thi công vừa phục vụ tưới.