Ở vùng Thuận Hóa, trước khi Nguyễn Hoàng vào trấn thủ, hệ thống chùa làng đã phát triển mạnh, một số nơi đã có những đại danh lam nổi tiếng.
Ô châu cận lục đã thống kê có nhiều chùa lớn ở Thuận Hóa, như chùa Sùng Hóa ở làng Lại Ân, huyện Tư Vinh, chùa Thiên Mụ ở làng Hà Khê huyện Kim Trà, chùa Kính Thiên ở gần trạm Bình Giang huyện Lệ Thủy, chùa Đại Phúc tại địa phận hai làng Đại Phúc và Tuy Lộc huyện Lệ Thủy, chùa Linh Sơn, chùa Kim Quang…
Trong thời gian đầu, Nguyễn Hoàng chưa chú ý phát triển Phật giáo, nhưng từ khi trở về Thuận Hóa lần thứ hai (1600) và quyết tâm “xây dựng cơ nghiệp muôn đời” ở Thuận Quảng, ông đã thay đổi thái độ.
Nguyễn Hoàng nhận ra rằng, Phật giáo Đại Thừa chính là hệ tư tưởng, là thứ tôn giáo phù hợp nhất để đoàn kết các tầng lớp nhân dân cùng hướng vào một mục đích chung, đồng thời thông qua đó, ông có thể đề cao tính chính danh của mình.
Phật giáo Đại Thừa với tư tưởng bao dung nhân ái, rất phù hợp với tâm tư tình cảm của người Việt, lại có thể dung chứa, tổng hòa các loại tín ngưỡng khác nhau, nhất là tín ngưỡng đa thần.
Chính vì vậy, Phật giáo Đại Thừa đã bám rễ và phát triển mạnh mẽ trên vùng đất mới. Từ đầu thế kỷ XVII trở đi, được sự quan tâm đặc biệt của người đứng đầu chính quyền, Phật giáo Đại Thừa đã có điều kiện phát triển hơn và trở thành dòng chủ lưu trong tôn giáo tín ngưỡng của vùng Thuận Quảng.
Nguyễn Hoàng đã cho trùng kiến, xây dựng một loạt những ngôi chùa lớn, bắt đầu là chùa Thiên Mụ ở xã Hà Khê huyện Hương Trà (năm 1601), rồi chùa Sùng Hóa ở xã Lại Ân huyện Phú Vang (1602), chùa Long Hưng ở xã Cần Húc huyện Duy Xuyên- phía Đông dinh trấn Quảng Nam (1602), chùa Bảo Châu ở Trà Kiệu Quảng Nam (1607), chùa Kính Thiên ở Lệ Thủy Quảng Bình (1609)…
Đáng chú ý nhất là việc tái dựng chùa Thiên Mụ và chùa Sùng Hóa đã mang một ý nghĩa chính trị và tôn giáo đặc biệt. Thích Hải Ấn và Hà Xuân Liêm trong công trình Lịch sử Phật giáo xứ Huế đã nhận xét:
“… trong hai năm tiếp nhau (1601-1602) Nguyễn Hoàng đã cho làm lại hai ngôi chùa cổ ở hai nơi - mà xét ra có nhiều ý nghĩa về mặt phong thủy đối với toàn cục núi sông vùng trung tâm châu Hóa - vẫn là một sử kiện có tính toán, quyết định cho một đường lối đã được nghiên cứu cẩn thận. Đường lối ấy có tính cách “mưu phạt tâm công” vào đời sống dân Thuận Hóa. Ông nghiên cứu thấy dân Thuận Hóa tin vào Phật giáo có phần mạnh hơn các tín ngưỡng khác. Ông bèn đổi các chiến thuật: từ ghét các nhà sư sang vị trí “ái mộ đạo Phật” để cho dân thấy ông cũng là một Phật tử, không khác họ. Hơn nữa, ông là một phật tử được thiên mệnh phó thác để chuyển hồi long mạch về cho toàn xứ. Cho nên, ta thấy ông làm đủ chuyện như là một Phật tử thuần thành, nhưng thực sự chưa thấy tự tay ông đặt một viên đá đầu tiên để kiến thiết một ngôi chùa nào, cũng chưa bao giờ đặt một tên hiệu chùa nào”.
Không chỉ dựng chùa, Nguyễn Hoàng còn “làm đủ chuyện như một Phật tử thuần thành”, đặc biệt ông đã đích thân cho tổ chức các nghi lễ và chay đàn Phật giáo ở chùa Thiên Mụ, chùa Sùng Hóa để thu hút nhân tâm:
“Năm Nhân Dần, niên hiệu Hoằng Định thứ 3 (1602) thượng tuần tháng 7. Bấy giờ Đoan vương Nguyễn Hoàng ái mộ đạo Phật từ bi, khuyên việc thiện, trồng duyên lành, nhân gặp tiết Trung nguyên ngày rằm tháng 7 bèn ra chùa Thiên Mụ cúng Phật, niệm kinh giải oan cầu phúc; tế độ chúng sinh, giúp người cứu khổ, công đức vẹn thành”.
“Năm Quý Mão, niên hiệu Hoằng Định thứ 4 (1603) mùa hạ, tháng tư, Đoan vương Nguyễn Hoàng lại sai thỉnh nhà sư trụ trì đứng ra mở hội Đại Pháp, đọc kinh thượng thặng, giảng Pháp thượng thặng cứu độ cho chúng sinh ba đường sáu lối, cầu siêu cho bảy tổ chín huyền được vẹn thành chính giác. Trong ngày hội ấy, thần dân thiên hạ kéo đến xem hội rất đông, ai nấy đều tấm tắc ngợi khen, cho là khá sánh với hội lớn Vô già. Mọi bề công đức hoàn thành, lòng chúa Đoan vương hết mực thư thái. Từ đó vương rộng mở việc thi hành nhiều việc chính sự giáo hóa, ơn chăm trăm họ, bề tôi thán phục vui lòng, các nước láng giềng đều đến thăm, thiên hạ xưng tụng cho là bậc vua sáng ở đời thái bình”.
Một điểm đáng lưu ý nữa là, gắn liền với thủ phủ hay các trung tâm chính trị quan trọng của Đàng Trong đều có chùa Phật giáo: tại Ái Tử là chùa Tịnh Quang, tại dinh Cần Húc là chùa Long Hưng… Điều đó càng chứng tỏ Phật giáo đã được tạo điều kiện phát triển tốt và có ảnh hưởng rất lớn đối với chính quyền chúa Nguyễn. Ảnh hưởng của Phật giáo còn lan tỏa ra toàn xã hội, hầu như ở mỗi làng xã đều có chùa, am thờ Phật để đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của cư dân.
