Trước khi hỏi các cơ quan chức năng, vị đại diện VKSND Cấp cao tại TPHCM hỏi bị cáo Bùi Ngọc Duy (nguyên Trưởng phòng phát triển VN Pharma) về các con dấu giả. Nghiêm trọng nhất là VKS truy vấn gắt gao vụ Duy chỉ đạo cấp dưới xóa tất cả các tài liệu quan trọng có liên quan đến hồ sơ buôn lậu của VN Pharma.
Bị cáo Duy chối loanh quanh, cho rằng mình chỉ đạo dọn dẹp gọn gàng chứ không phải xóa dấu vết. Lúc này vị kiểm soát viên công bố lời khai của cấp dưới của bị cáo Duy về việc xóa các file tài liệu quan trọng nhằm xóa dấu vết liên quan đến vụ án.
Tại sao tài sản của Cty VN Pharma là các con dấu, tài liệu mà bị cáo lại vứt bỏ đi? Bị cáo có biết đây là tài liệu quan trọng liên quan đến vụ án? Khi VKS hỏi thì bị cáo Duy tiếp tục chối và cho rằng không biết là có liên quan đến vụ án. Vị đại diện VKSND liền cho rằng bị cáo có trình độ, có nhận thức, tại sao lại cho rằng không biết. Bị cáo đã gây khó khăn cho cơ quan điều tra về việc làm của mình.
VKS hỏi bị cáo Phương (nguyên Kế toán trưởng VN Pharma) và bị cáo Quốc về người có tê Trần Lê Hoàng Sơn là ai? Bị cáo cho biết là người bán hàng cho VN Pharma.
VKS hỏi Sơn có tự lấy được tiền ra khỏi Cty VN Pharma? Các bị cáo cho rằng Sơn không tự lấy tiền ra được, phải có chứng từ kế toán... Lúc này VKS hỏi chứng từ đó đâu? Cả hai bị cáo Quốc và Phương im lặng. VKS liền công bố lời khai của người tên Sơn, tiền lấy ra từ VN Pharma là chi tiền hoa hồng cho bác sĩ để bán thuốc của VN Pharma vào các bệnh viện. Tất cả các khoản chi hoa hồng đều được Sơn làm giấy tờ, chứng từ với VN Pharma.
