Đối với số tiền hơn 1,107 tỉ đồng lập khống cột tổng thì từ năm 2013 đến tháng 3.2014, phần chênh lệch giữa dự toán và thực tế đã chi trả cho cán bộ GV, thủ quỹ là Lê Thị Tư đã trực tiếp rút hơn 415 triệu đồng tiền mặt để cùng kế toán chia đôi mỗi người hơn 207 triệu đồng. Còn từ tháng 4.2014 đến tháng 8.2017, phần chênh lệch hơn 692 triệu đồng đã được bà Nga chuyển vào tài khoản cá nhân.
Từ năm 2015-2017, Trường THCS Nghi Vạn đã lập tổng quỹ lương cao hơn so với thực tế đăng ký quỹ lương đầu năm, số chênh lệch giữa dự toán UBND huyện phân bổ cho trường cao hơn so với thực tế là hơn 542 triệu đồng. Bên cạnh đó, Trường THCS Nghi Vạn còn triển khai khoản thu từ sửa thiết bị, hỗ trợ dạy học trái quy định với số tiền hơn 93 triệu đồng.
Sau khi có kết luận của đoàn thanh tra, 20 cán bộ, GV hưởng lương thừa đã nộp lại hơn 342 triệu đồng. Thủ quỹ nhà trường đã nộp đủ số tiền hơn 207 triệu đồng vi phạm; kế toán đã nộp tổng số tiền 900 triệu đồng. Tổng số tiền thu hồi là hơn 1,45 tỉ đồng. Hiện, UBND huyện Nghi Lộc đang tiến hành xử lý các tập thể, cá nhân liên quan theo quy định.