Tuy nhiên, thời gian qua, do điều kiện thời tiết bất lợi, việc sản xuất và ương dưỡng cá giống có tỉ lệ sống thấp, nhiễm bệnh và khó điều trị… Từ đó, người sản xuất giống đã lạm dụng thuốc, hóa chất, kháng sinh trong phòng, trị bệnh làm ảnh hưởng đến chất lượng con giống. Ấy nhưng, chất lượng giống sụt giảm còn có nguyên nhân từ chất lượng đàn cá tra bố mẹ. Theo Sở NNPTNT Đồng Tháp, vì lợi nhuận, cạnh tranh không lành mạnh và do giá cá tra thương phẩm không ổn định nên phần lớn các cơ sở sinh sản đàn cá tra bố mẹ không được đầu tư nuôi vỗ đúng quy trình, dẫn đến chất lượng con giống càng sụt giảm.
Từ năm 2013, Bộ NNPTNT đã ban hành Quy chế quản lý công tác chọn giống. Theo đó, đàn cá tra bố mẹ được chọn làm giống thuộc Dự án Chuyển giao công nghệ sản xuất cá giống cho các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long, do Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II thực hiện. Tại Đồng Tháp, hơn 7 năm qua, ngành NNPTNT đã tiếp nhận hơn 89.000 con giống. Ngoài ra 31 cơ sở trên địa bàn tỉnh cũng đang nuối dưỡng gần 49.000 con khác. Đàn cá tiếp nhận năm 2011 đã được đưa vào khai thác từ cuối năm 2013, đến nay đã cung cấp được 13 tỉ con cá bột.
Chiếm hơn 90% thị phần xuất khẩu và đóng góp khoảng 73% sản lượng cá da trơn thế giới, cá tra giữ vai trò quan trọng trong kim ngạch xuất khẩu thủy sản của đất nước. Bộ NNPTNT khẳng định sẽ quản lý ngành hàng cá tra theo chuỗi giá trị từ đầu vào sản xuất đến đầu ra sản phẩm xuất khẩu. Theo đó, các doanh nghiệp xuất khẩu phải đăng ký và khi Hiệp hội Cá tra Việt Nam xác nhận thì cơ quan hải quan mới chấp nhận cho lô hàng xuất khẩu. Hiện đàn cá tra bố mẹ do Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II được nuôi dưỡng khá bài bản. Các con giống đưa vào sản xuất đều được gắn chíp điện tử để quản lý và cung cấp phiếu xác nhận xuất xứ làm cơ sở cho việc truy xuất nguồn gốc... Vì vậy, việc các cơ sở sản xuất giống thiếu đầu tư nuôi vỗ đàn theo quy trình, hoặc kém chất lượng sẽ không còn đường tồn tại.
