Căn cứ Điều 1 Quy chế cán bộ Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh ban hành kèm theo Quyết định số 289-QĐ/TW, Bí thư chi đoàn là một trong các chức danh thuộc Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh.
Bí thư chi đoàn hiện đang có hệ số phụ cấp chức vụ lãnh đạo là 0,15. Do chưa thực hiện cải cách tiền lương nên cũng giống như lương nhận hàng tháng, phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũng được tính theo công thức:
Phụ cấp chức vụ lãnh đạo = 0,15 x 1,8 triệu đồng/tháng (mức lương cơ sở áp dụng từ 1.7.2023) tương đương 270.000 đồng/tháng.
Nếu kiêm nhiệm chức vụ, chức danh cán bộ, công chức cấp xã khác mà làm giảm 1 người trong tổng số cán bộ, công chức cấp xã thì Bí thư chi đoàn được hưởng phụ cấp kiêm nhiệm bằng 50% mức lương bậc 1 cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo (nếu có) của chức danh kiêm nhiệm.
Nếu kiêm nhiệm nhiều chức danh, chức vụ thì chỉ được hưởng mức phụ cấp cao nhất. Riêng trường hợp kiêm nhiệm thực hiện nhiệm vụ của người hoạt động không chuyên trách cấp xã, cấp thôn thì được hưởng 100% phụ cấp chức danh kiêm nhiệm này.