Tài liệu của PV Báo Lao Động thể hiện, trong các năm 2015 - 2016, đơn vị này chi trả các khoản phụ cấp để chi tăng thu nhập cho NLĐ với số tiền hơn 714 triệu đồng (năm 2015 là hơn 327 triệu đồng, năm 2016 là hơn 387 triệu đồng) như công vụ, đăng kiểm viên, xe máy chuyên dùng, tai nạn, giám sát, trực đêm, tạp vụ, tổ trưởng, quản lý hồ sơ, thu phí, thiết kế cải tạo, thủy nội địa không đúng quy định. Đáng nói là quyết toán hàng năm của đơn vị đều được Sở GTVT phê duyệt. Tại biên bản làm việc với đoàn thanh tra ngày 28.3.2017, Sở GTVT tỉnh Phú Yên đã thừa nhận: "Trung tâm Đăng kiểm tự đưa vào và ấn định hệ số phụ cấp mà đoàn thanh tra nêu là không đúng quy định. Trong quá trình duyệt quyết toán tại đơn vị, Sở GTVT có nhắc nhở nhưng không đưa vào biên bản, Sở GTVT nhận thiếu sót". Ngoài ra, tại Trung tâm này còn xảy ra tình trạng thất thu ngân sách Nhà nước hàng chục triệu đồng tiền phí kiểm định ôtô.
Theo Thanh tra tỉnh Phú Yên, việc Sở GTVT đã thẩm tra quyết toán hàng năm và nhắc nhở việc chi các khoản phụ cấp không đúng quy định nhưng không đưa vào biên bản là không thực hiện đúng trách nhiệm được giao. Lẽ ra, với chức năng, nhiệm vụ của mình (quy định tại Thông tư số 71 ngày 9.8.2006 của Bộ Tài chính), Sở GTVT phải thực hiện việc kiểm tra, thanh tra hoạt động thu, chi của đơn vị sự nghiệp theo quy định hiện hành và quy định tại Thông tư này.
Theo Chánh Thanh tra tỉnh Phú Yên Nguyễn Duy Dương, hiện nay, để thu hồi lại số tiền nêu trên từ NLĐ trong thời gian ngắn là rất khó khăn. Do đó, ông Dương đề nghị đơn vị phải thu hồi dứt điểm số tiền này trong 2 năm (2017 và 2018) và trích lập các quỹ theo quy định trước khi chi tăng thêm thu nhập cho NLĐ. Liên quan đến sự vụ này, Thanh tra tỉnh Phú Yên cũng yêu cầu Sở GTVT chỉ đạo Trung tâm kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với các cá nhân liên quan đến việc lập quy chế và chi phụ cấp không đúng quy định. Riêng Trung tâm phải thực hiện thu hồi số tiền hơn 714 triệu đồng nộp vào quỹ của Trung tâm, do đơn vị đã chi phụ cấp tăng thu nhập cho NLĐ không đúng quy định.
Thanh tra tỉnh Phú Yên cũng vừa yêu cầu Sở GTVT trước 30.5 phải tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với các cá nhân liên quan tại Trung tâm này. Sở GTVT cũng phải tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm các cá nhân liên quan đến việc quyết toán hàng năm nhưng vẫn để xảy ra nhưng sai sót trên. Chiều 15.5, trao đổi với PV Báo Lao Động, ông Nguyễn Phương Đông - Phó Giám đốc Sở GTVT tỉnh Phú Yên - cho biết: "Cả Trung tâm và Sở GTVT đang tiến hành tổ chức kiểm điểm các cá nhân liên quan đến sai sót này".