Theo cáo trạng, vào khoảng từ tháng 4-2014 đến tháng 5-2014, Nguyễn Khắc Thủy đã thực hiện 2 vụ dâm ô đối với 2 cháu gái tại chung cư Lakeside, phường Nguyễn An Ninh, TP Vũng Tàu.
Vụ thứ nhất, tháng 4-2014, anh T. - bố của cháu N.N.A.D (SN 2008) - dẫn con gái chơi tại khu vực cầu trượt thuộc khuôn viên của chung cư Lakeside. Trong lúc cháu D. đang chơi đùa cùng anh trai (SN 2003) thì Thủy đi đến dùng tay sờ vào bộ phận sinh dục của cháu D.
Hành vi này của Thủy đã bị anh trai của cháu D. phát hiện và báo cho bố biết. Anh T. đã tát Thủy rồi chửi mắng, sau đó báo cho bảo vệ của chung cư biết vụ việc.
Vụ thứ hai, tháng 5-2014, khi cháu T.H.A (SN 2003) đang nói chuyện với bạn tại cửa số một căn phòng của chung cư Lakeside thì Thủy đi đến. Từ bên ngoài cửa sổ, Thủy dùng tay thực hiện hành vi dâm ô với cháu H.A. Bạn của cháu H.A đã chứng kiến vụ việc.
Năm 2016, công an TP.Vũng Tàu đã tiếp nhận hồ sơ do công an phường Nguyễn An Ninh chuyển giao, nội dung bà Th tố giác Nguyễn Khắc Thủy có hành vi xâm hại tình dục đối với con gái của chị Th.
Quá trình điều tra, công an đã lấy lời khai của bị hại, nhân chứng, dựng lại hiện trường và đã làm rõ được 2 vụ trên. Riêng vụ của con gái chị Th. và một số cháu gái khác thì tiếp tục điều tra, làm rõ, xử lý sau.
Trong quá trình điều tra, Nguyễn Khắc Thủy không thừa nhận hành vi của mình, nhưng căn cứ vào lời khai của các bị hại, lời khai của các nhân chứng, kết quả nhận dạng, kết quả khám nghiệm hiện trường đã đủ cơ sở để xác định Thủy thực hiện những hành vi trên.
Nguyễn Khắc Thuỷ cho biết, đang bị đau đầu, khó thở, tức ngực. HĐXX cho phép bị cáo được ngồi trong quá trình diễn ra vụ án.
Tham gia phiên tòa có các nhân chứng được cho là chứng kiến hành vi dâm ô của ông Thủy.
Sau khi tuyên bố khai mạc, tòa đề nghị các phóng viên di chuyển lên phòng báo chí để theo dõi, tác nghiệp qua màn hình camera.