Học viện Phật giáo đầu tiên
Chùa Quỳnh Lâm được thiền sư Nguyễn Minh Không - một vị quốc sư thời vua Lý Thần Tông (1128 - 1138) khởi dựng. Bia Trùng tu tái tạo Tiên Du sơn đệ nhất Quỳnh Lâm tự cho biết, thiền sư Nguyễn Minh Không cho đúc một pho tượng Phật Di Lặc “cao 6 trượng 60 thước,... dựng thượng điện 5 tầng cao 70 thước, rộng 50 thước” được xếp là một trong “An Nam tứ đại khí - 4 vật lớn nhất của An Nam”. Thiền sư Nguyễn Minh Không còn dựng một tấm bia đá lớn cao 2,5 m, rộng 1,5 m với hoa văn hình rồng uốn lượn mềm mại. Đây là một trong những tấm bia lớn nhất của thời Lý hiện còn. Trán bia trang trí đôi rồng vờn cầu lửa, diềm được trang trí các hình rồng nối đuôi nhau thành một băng dài, phần hông cũng được trang trí hình rồng cuộn tròn trong những ô vuông với đường nét tinh xảo.
Nhưng chùa Quỳnh Lâm thực sự trở thành một trung tâm Phật giáo quan trọng trong thế kỷ 14 với hoạt động của Pháp Loa, đệ nhị tổ của Thiền Phái Trúc Lâm. Thiền sư đã cho mở mang và xây dựng chùa Quỳnh Lâm trở thành trung tâm Phật giáo lớn đương thời, nơi tổ chức các sự kiện Phật giáo lớn của Đại Việt đầu thế kỷ 14. Năm 1314 ông cho xây dựng 33 điện thờ Phật, gác chứa kinh... Chính trong thời kỳ này trên cơ sở chùa Quỳnh Lâm cũ, năm 1316 Pháp Loa cho thành lập “viện Quỳnh Lâm” - học viện Phật giáo đầu tiên ở nước ta được ra đời từ đây. Quỳnh Lâm trở thành trung tâm Phật giáo lớn với 2.000 mẫu ruộng, gia nô hơn 1.000 người. Cùng với các chùa Hoa Yên, Long Động (chùa Lân) và Ngọa Vân, Quỳnh Lâm và hệ thống các chùa vệ tinh như Hồ Thiên, Thanh Mai... đã biến khu vực An Sinh thành trung tâm Phật giáo Việt Nam dưới thời Trần.
Năm 1319, Pháp Loa đã kêu gọi tăng nhân và phật tử chích máu in hơn 5.000 quyển kinh Đại Tạng cất giữ ở Quỳnh Lâm viện. Pháp Loa cũng đã cho san khắc nhiều bộ kinh luật tại chùa Vĩnh Nghiêm để phục vụ việc truyền giảng, lưu hành giáo lí. Năm 1328, ông lại cho đúc một pho tượng Di Lặc. Sau đó ông tâu xin nhà vua cho được kéo tượng từ nền điện lên bảo tọa để dát vàng. Năm 1329, Pháp Loa cho đem theo một phần tro hài cốt của Trần Nhân Tông, vị tổ thứ nhất của thiền phái Trúc Lâm về đặt trong tháp đá ở Quỳnh Lâm. Quỳnh Lâm trở thành Đệ nhất danh lam cổ tích của nước Nam.
Hoang phế để rồi hồi sinh mạnh mẽ
Đầu thế kỷ 15, khi giặc Minh xâm lược Đại Việt, với chính sách đồng hóa của Minh Thành Tổ, quân Minh đã phá hủy nhiều công trình kiến trúc, văn hóa của Đại Việt, tương truyền An Nam tứ đại khí cũng bị quân Minh phá để lấy đồng đúc súng đánh lại quân dân Đại Việt và chùa Quỳnh Lâm ít nhiều hẳn cũng bị ảnh hưởng.
Sau thời gian có phần lắng xuống ở thời Lê sơ, thế kỷ 16, đặc biệt là bước sang thế kỷ 17 - 18 khi Nho giáo ngày càng đi vào giáo điều, chế độ phong kiến Việt Nam bước vào thời kỳ khủng hoảng trầm trọng, nội chiến triền miên, nông dân nghèo khổ, phiêu tán, niềm tin bị khủng hoảng thì Phật giáo và các tín ngưỡng dân gian được phục hưng, trong đó đặc biệt là Phật giáo.
Bia Trùng tu tái tạo Tiên Du sơn đệ nhất Quỳnh Lâm tự dựng năm 1629 cho biết, năm Vĩnh Tộ thứ 9 (1627), Thanh Đô vương Trịnh Tráng cho trùng tu lại chùa, sau gần hai năm xây dựng, công việc trùng tu, tôn tạo đã hoàn thành các công trình gồm: Điện Phật, nhà Thiêu Hương, Tiền Đường, Giải Vũ, nhà Hậu Phật, Hành Lang tả hữu, Nhà Tăng, Nhà Kho, Tam Quan và Gác Chuông...
Chùa Quỳnh Lâm là nơi Thiền sư Chân Nguyên lựa chọn là điểm khởi đầu, “đại bản doanh” của phong trào phục hưng Thiền tông Trúc Lâm. Nửa cuối thế kỷ 17, đầu thế kỷ 18 hàng loạt những đợt trùng tu, xây dựng mới được tiến hành. Giữ vai trò là một trong những trung tâm của Phật giáo Việt Nam. Ngoài ra, Thiền sư Chân Nguyên còn cho trùng tu chùa chiền, tô tượng, đúc chuông ở nhiều nơi, sưu tầm, biên khảo và soạn thảo kinh sách cho khắc in và lưu giữ tại chùa Quỳnh Lâm, lúc này Quỳnh Lâm trở lại với vai trò là Tự - Viên, một chốn tùng lâm của Phật pháp Việt Nam thế kỷ 17.
Sau khi Thiền sư Chân Nguyên mất, đệ tử của Thiền sư đã cho xây dựng 2 tháp để chứa ngọc cốt của ngài, tháp thứ nhất dựng ở Long Động (chùa Lân) và tháp thứ hai dựng tại chùa Quỳnh Lâm, cả hai tháp đều được gọi là Tuệ Đăng tháp. Tiếp nối sự nghiệp phục hưng Thiền phái Trúc Lâm, đệ tử của ngài Chân Nguyên là Thiền sư Như Hiện tiếp tục công việc trùng tu, tôn tạo và mở rộng Quỳnh Lâm. Năm 1730, được sự hỗ trợ của triều đình mà trực tiếp là của chúa Trịnh Giang, toàn bộ chùa Quỳnh Lâm đã được xây dựng lại.
Với lịch sử tồn tại lâu dài, những di vật còn lại của chùa Quỳnh Lâm đã cho chúng ta thấy được những giá trị lịch sử, văn hóa, nghệ thuật qua các thời đại. Vì những lẽ đó, chùa Quỳnh Lâm đã được công nhận là di tích có giá trị quan trọng thuộc Khu di tích quốc gia đặc biệt nhà Trần tại Đông Triều (Quảng Ninh).
Chùa Quỳnh Lâm từng là học viện đầu tiên, điểm khởi đầu, “đại bản doanh” của phong trào phục hưng Thiền tông Trúc Lâm.
