Mục tiêu của Nghị quyết nhằm phát huy tính chủ động, sáng tạo, khai thác, sử dụng hợp lý, hiệu quả các nguồn lực của bệnh viện nhằm nâng cao năng lực, chất lượng khám bệnh, chữa bệnh, chăm sóc, bảo vệ sức khỏe cho người dân; tiếp tục phát huy truyền thống, uy tín của các bệnh viện; duy trì và phát triển các trung tâm kỹ thuật cao phục vụ không chỉ cho người Việt Nam mà cả người nước ngoài.
Ngoài ra, thực hiện trách nhiệm xã hội của bệnh viện, bảo đảm quyền lợi cho đối tượng có thẻ bảo hiểm y tế, đối tượng chính sách, nhất là bệnh nhân nghèo, bệnh nhân thuộc diện khó khăn trong tiếp cận với dịch vụ y tế có chất lượng với chi phí hợp lý. Không để xảy ra tình trạng thu hút bệnh nhân quá mức và lạm thu.
Một trong những nội dung quan trọng của cơ chế tự chủ là ngoài thực hiện tốt nhiệm vụ chuyên môn, 4 bệnh viện này khi bắt đầu thực hiện thí điểm Bộ trưởng Bộ Y tế chỉ định thành lập Hội đồng quản lý và cử Giám đốc đương nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng quản lý kiêm Giám đốc bệnh viện hoặc Tổng Giám đốc bệnh viện (theo Đề án của mỗi bệnh viện được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt) với thời gian tối đa là 2 năm. Trong thời gian này, Hội đồng quản lý có trách nhiệm xây dựng Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý trình Bộ trưởng Bộ Y tế; phương án kiện toàn Hội đồng quản lý khi kết thúc giai đoạn thí điểm.
Hội đồng quản lý có từ 7 đến 11 người, trong đó có 1 đại diện của Bộ Y tế. Các tiêu chuẩn, bao gồm cả tiêu chuẩn về tuổi của Chủ tịch Hội đồng quản lý thực hiện theo quy định hiện hành. Trường hợp đặc biệt, trong thời gian kiện toàn, nếu Chủ tịch Hội đồng quản lý quá tuổi so với quy định, Bộ trưởng Bộ Y tế báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Nghị quyết cũng nêu, trường hợp thuê Tổng Giám đốc, Giám đốc các cơ sở thành viên: Hội đồng quản lý có trách nhiệm xây dựng tiêu chí, tiêu chuẩn và quyết định, chịu trách nhiệm về việc thuê Tổng Giám đốc, Giám đốc các cơ sở thành viên. Quyết định danh mục vị trí việc làm, cơ cấu, số lượng người làm việc; tuyển dụng, sử dụng, quản lý, phát triển đội ngũ viên chức, nhân viên hợp đồng theo quy định của pháp luật.
Hội đồng quản lý bệnh viện có quyền quyết định cấu hình, tính năng kỹ thuật trang thiết bị y tế đảm bảo phù hợp với yêu cầu phát triển chuyên môn của bệnh viện và an toàn cho người bệnh. Chủ tịch Hội đồng quản lý quyết định phê duyệt Kế hoạch lựa chọn nhà thầu và phê duyệt quyết toán hoàn thành các dự án đầu tư Nhóm B, C.
Về tiền lương, giá dịch vụ y tế, đơn vị được xác định quỹ tiền lương theo doanh thu hoặc quỹ lương khoán trong chi phí hợp lệ để tính thuế thu nhập và được quyền quyết định chi trả tiền lương, thu nhập tăng thêm theo kết quả hoạt động. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự đảm bảo tiền lương tăng thêm từ nguồn thu của đơn vị. Giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế sẽ áp dụng theo giá dịch vụ khám, chữa bệnh bảo hiểm y tế do Bộ Y tế ban hành.
Ngoài các nội dung trên, các bệnh viện thực hiện các nội dung theo quy định hiện hành.
