Vào tháng 5.1947, Ủy ban Kháng chiến Hành chánh Nam bộ triệu tập Đại hội Sinh viên Nam bộ. Đối tượng được triệu tập gồm sinh viên, trí thức là cán bộ quân dân chính đảng thuộc 3 khu 7, 8, 9.
Bác sĩ Hoàng Xuân Bình, Trợ lý Ban tham mưu Bộ Tư lệnh khu 9 là 1 trong những đại biểu được cử đi dự đại hội. Sau đại hội, trên đường về nơi công tác, ông cùng 1 đồng đội bị lọt ổ phục kích của đối phương và bị bắt giải về Phòng Nhì Pháp. Sau đó ông bị đưa ra tòa án binh thường trực (Tribunal militaire permanent) ở Sài Gòn để xét xử.
Luật sư Nguyễn Hữu Thọ đã nhận bào chữa cho bác sĩ Hoàng Xuân Bình. Ngoài ra còn có 1 luật sư người Pháp do tòa án chỉ định bảo vệ bị cáo.
Bị cáo Hoàng Xuân Bình bị khép tội “phản quốc”. Theo luật pháp nước Pháp, nội dung điều luật này qui định “trừng phạt người dân của một nước hay lãnh thổ thuộc chủ quyền của Pháp, đã có những hoạt động có tính chất phá hoại tinh thần của quân đội và của quốc gia, gây tổn hại cho quốc phòng” và có khung hình phạt từ 5 năm khổ sai đến tử hình!
Phiên tòa mở ngày 25.5.1948, chủ tọa là đại tá Quân pháp Blandin de Chaslin. Có 4 hội thẩm và 1 Ủy viên Chính phủ giữ quyền công tố, đều là sĩ quan quân đội viễn chinh Pháp. Vào phần luận tội, đại diện Chính phủ Pháp là đại úy Avazeri cáo buộc bác sĩ Hoàng Xuân Bình: “Bị cáo, suốt từ 1945 đã cầm súng chống lại nước Pháp…; chiến đấu trên tất cả chiến trường Đông Dương…; không chỉ giới hạn các hoạt động của mình trong lĩnh vực quân sự, mà còn hoạt động chính trị, tình báo, ngoại giao khi làm sĩ quan cận vệ do Việt Minh đặt bên cạnh cựu hoàng Bảo Đại và làm trợ lý tình báo cho Hoàng thân Lào Souphanouvong. Do các lẽ đó, tôi đề nghị quý tòa áp dụng điều khoản 73A, đoạn thứ 3, trừng phạt tội “phản quốc””.
Theo thuật lại của bác sĩ Hoàng Xuân Bình, luật sư Nguyễn Hữu Thọ trong phần bào chữa của mình đã lập luận dõng dạc, khúc chiết, đại ý: Khi khép thân chủ của ông vào tội danh “phản quốc”, bản cáo trạng đã phạm phải một sai lầm cơ bản. Một điều tất nhiên mà ai cũng hiểu được, luật pháp của nước Pháp chỉ có thể truy tố một người về tội “phản quốc” nếu bị cáo đó là người dân mang quốc tịch Pháp. Còn bị cáo Bình là công dân nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa mới thành lập ngày 2.9.1945, chấm dứt chế độ thuộc địa mà Pháp đã dựng lên trên bán đảo Đông Dương. Tình trạng đó đã giải phóng mọi người dân Việt Nam khỏi tư cách là “dân một nước thuộc chủ quyền” của nước Pháp. Tiếp sau đó, theo lời mời của Chính phủ nước Cộng hòa Pháp, vị Chủ tịch nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã qua thăm chính thức Pháp và Chính phủ Paris đã tổ chức cuộc đón tiếp với nghi lễ dành cho một nguyên thủ quốc gia nước ngoài. Điều đó có giá trị như một sự công nhận lẫn nhau giữa 2 chính phủ. Việc Tòa án Pháp truy tố một công dân nước ngoài trên lãnh thổ quê hương của họ, rõ ràng là một quyết định vô giá trị... Bác sĩ Hoàng Xuân Bình đã thực hiện nhiệm vụ trong danh dự nghĩa vụ công dân của mình, không thể bị truy tố với tội danh “phản quốc”. Với những lập luận chặt chẽ ấy, luật sự Nguyễn Hữu Thọ đề nghị tòa quyết định miễn tố và trả tự do cho bị cáo.
Về phía luật sư người Pháp bào chữa bị cáo theo chỉ định của tòa, ông ta chỉ “kêu gọi sự khoan hồng của quý tòa”.
Được nói lời sau cùng trước khi tòa vào nghị án, bị cáo Hoàng Xuân Bình cho rằng việc làm của mình là chính nghĩa. Bị cáo không đồng ý với lời “xin tòa khoan hồng” của luật sư người Pháp, mà nói: “Tôi xác nhận tất cả các điều mà bản cáo trạng đã nêu đều đúng sự thực và tôi xin chịu trách nhiệm vì tôi đã cân nhắc một cách tỉnh táo, thực hiện một cách tự nguyện với lương tâm trong sáng, không có bất kỳ một sự áp đặt nào từ người khác... Tôi hoàn toàn không nuôi một ảo vọng nào về bản án mà tòa sẽ tuyên. Tôi chỉ xin mỗi vị thẩm phán và chánh án, trước khi bỏ thăm về mức án, hãy tự trả lời cho lương tâm mình: Nếu các vị ở vào tình cảnh của chúng tôi, các vị sẽ là Résistants hay Collabos?”.
Cuối cùng, viên Ủy viên Chính phủ Avazeri đã phải xin rút bỏ tội danh “phản quốc” và đổi thành tội danh “hoạt động lật đổ”. Với tội danh này, bác sĩ Hoàng Xuân Bình đã thoát khỏi hình phạt khổ sai hay tử hình.
Cũng theo bác sĩ Hoàng Xuân Bình, trước khi vào phiên tòa, luật sư Nguyễn Hữu Thọ đã dặn dò kỹ “thân chủ”, đại ý: Cứ nhận hết các cáo buộc của tòa, không xin xỏ gì cả. Mục đích là, trước đông đảo quần chúng dự khán, cần chứng tỏ cho các quan tòa người Pháp thấy chánh nghĩa của cuộc kháng chiến. Đồng thời, để đánh vào lương tâm con người, bị cáo cần nói: “Việc chúng tôi làm hiện nay là những gì mà những người ái quốc Pháp đã làm trong những năm đen tối 1940 - 1944. Nếu các vị ở vào tình cảnh của chúng tôi, các vị sẽ là Résistant hay Collabos?” (tức các vị “Kháng chiến hay hợp tác” với quân xâm lược Đức).
