Theo quy hoạch, việc phát triển khu đô thị Thủ Thiêm không nhằm mục tiêu kinh doanh bất động sản và đạt được lợi nhuận từ việc khai thác đất. Thay vào đó, phần lớn diện tích đất được ưu tiên để xây dựng các công trình công cộng, dịch vụ mà trung tâm thành phố hiện hữu còn thiếu hoặc hạn chế phát triển.
Theo đó, diện tích đất quy hoạch khu trung tâm đô thị mới Thủ Thiêm là 657 ha. Trong đó phần diện tích đất khai thác thương mại chỉ 194 ha (chiếm tỉ lệ 29%) còn lại là đất dịch vụ cho các công trình công cộng lên đến 71%.
Khu đô thị mới Thủ Thiêm được chia thành 8 khu chức năng. Mỗi khu chức năng có đặc điểm riêng về công năng sử dụng hỗn hợp, mật độ xây dựng và không gian công cộng.
Khu chức năng số 1 là khu trung tâm thương mại dịch vụ đa chức năng mật độ cao. Các công trình công cộng quan trọng là Trung tâm hội nghị triển lãm, Bảo tàng, Nhà hát giao hưởng và Trung tâm thông tin quy hoạch.
Khu chức năng số 2 là một khu phức hợp mật độ cao với các chức năng thương mại, dân cư đa chức năng và thể thao giải trí. Các công trình công cộng là Tháp quan sát, Sân vận động, Nhà thi đấu đa năng, Trường học và Trung tâm hành chính địa phương.
Khu chức năng số 3 là một khu chức năng dân cư hỗn hợp nằm dưới chân Cầu Thủ Thiêm 1, có Trường học và nhà bảo tàng.
Khu chức năng số 4 là khu dân cư hỗn hợp nằm ở phía Bắc Thủ Thiêm. Công trình công cộng được quy hoạc có 3 trường học, Trung tâm sinh hoạt cộng đồng, Cơ quan hành chính địa phương, Trạm cứu hỏa và Trạm cung cấp nhiên liệu.
Khu chức năng số 5 có công trình công cộng là Cung thiếu nhi, Tòa nhà Cơ quan hành chính đô thị, Trạm cung cấp nhiên liệu, 3 trường học, Trung tâm sinh hoạt cộng đồng và Cơ quan Hành chính địa phương.
Khu chức năng số 6 là khu vực nằm dọc theo Đại lộ Đông Tây và giữa các kênh rạch tự nhiên của bán đảo Thủ Thiêm. Tại đây bố trí Công viên phần mềm, Bệnh viện quốc tế, trạm trung chuyển xe buýt và tàu điện ngầm.
Khu chức năng số 7 là khu vực phát triển với tầng cao từ trung bình đến cao tầng với đầy đủ hệ thống hạ tầng và dịch vụ công cộng. Điểm nhấn là khu khách sạn nghỉ dưỡng và Bến du thuyền với chức năng cảng hành khách du lịch.
Khu chức năng số 8 là khu vực phát triển sinh thái đa dạng nhất tại Thủ Thiêm, đây là khu bảo tồn sinh cảnh quan trọng đối với toàn thành phố.
Có 3 dự án công cộng ảnh hưởng lớn đến khu vực này gồm khách sạn nghỉ dưỡng nổi Vùng châu thổ phía Nam, Công viên nước và Khu nghiên cứu thực vật.
Các dự án này được thiết kế và quản lý theo phương thức bền vững, nhằm bảo đảm khu ngập nước phía Nam phát triển ổn định để phục vụ theo đúng vai trò đối với Thủ Thiêm, cũng như với toàn thành phố.
Tuy nhiên, sau gần 20 năm quy hoạch và xây dựng, hầu hết các công trình công cộng nêu trên đều chưa được triển khai xây dựng. Duy nhất chỉ có Trung tâm triển lãm quy hoạch (Khu chức năng số 1) được khởi công xây dựng vào năm 2013.
Công trình này được đầu tư hơn 800 tỉ đồng, kế hoạch sẽ hoàn thành vào năm 2015. Tuy nhiên, đến nay công trình vẫn còn đang dang dở, ngổn ngang. Trong khi đó, các dự án bất động sản, công trình thương mại, chung cư, nhà phố, phân lô bán nền,... đua nhau mọc lên như nấm sau mưa.
