Theo Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Tĩnh, sau khi đi khảo sát thực tế và lấy 17 mẫu nước tại 9 vị trí khác nhau để quan trắc, bước đầu Sở này đã đưa ra nhận định nguyên nhân thủy, hải sản chết bất thường là do thời gian qua trên sông Nghèn có rất nhiều bèo Tây, đặc biệt trước đợt mưa lũ vừa rồi bèo Tây phủ gần kín mặt sông, quá trình sinh trưởng đã làm tăng hàm lượng các chất hữu cơ trong nước.
Cụ thể, thời gian qua do hạn hán nên bèo Tây bị chết và phân hủy, tích tụ lắng xuống sông. Sau lũ lụt, lượng bèo Tây trên mặt và phần tích tụ lâu nay bị cuốn đi, kết hợp thời tiết nắng nóng, làm tăng nhanh quá trình trao đổi nhiệt trong nước, nhiệt độ trong nước tăng làm cho quá trình phân hủy hữu cơ trong nước tăng mạnh.
Đặc biệt là phân hủy tầng đáy, làm cho lượng ôxy hoà tan trong nước giảm nhanh, có một số loại khí độc xuất hiện, chủ yếu là Mêtan (CH4), Sunphua Hydro (H2S)… làm cho nước có mùi (thực tế là khi đi khảo sát trên sông Nghèn có thoảng mùi hôi tanh).
Ngoài ra, nước lũ từ các khu vực đổ về đây bị tích tụ lại làm tăng hàm lượng cặn lơ lửng, kết hợp chất hữu cơ dẫn đến hàm lượng ô xy hòa tan trong nước giảm nhanh, gây ra hiện tượng thủy hải sản bị ngạt (thiếu ôxy) dẫn đến chết bất thường và đồng loạt.
Trước đó, sau khi lấy mẫu cá chết ở các lồng bè nuôi tại xã Thạch Sơn và Thạch Đỉnh, Chi cục Chăn nuôi và Thú y tỉnh Hà Tĩnh đã lấy mẫu cá gửi Chi cục Thú y vùng III ( Cục Thú y) để xét nghiệm tìm hiểu nguyên nhân.
Kết quả xét nghiệm của cơ quan Thú y vùng III cho thấy, tất cả các mẫu cá đều không phát hiện vi rút gây bệnh, không phát hiện ký sinh trùng hay vi khuẩn trong mẫu bệnh phẩm kiểm tra.