Theo Sở Giao thông vận tải (GTVT) tỉnh, Kiên Giang có 5 tuyến hàng hải đang hoạt động. Sở hiện cũng quản lý 16 tuyến vận tải đường thủy nội địa từ bờ ra đảo, quanh các đảo.
Tỉnh có đội tàu vận tải hành khách lớn (trên 30 phương tiện vận tải hành khách từ bờ ra đảo; có khoảng 200 phương tiện thủy các loại hoạt động đưa khách tham quan du lịch quanh đảo, nối các đảo) và trên 100 phương tiện vận chuyển hàng hóa, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh. Sản lượng vận chuyển hành khách, hàng hóa bình quân mỗi năm tăng từ 7 - 9% năm.
Riêng đối với các phương tiện phục vụ vui chơi giải trí dưới nước (môtô nước) trên địa bàn TP Phú Quốc và Hà Tiên có khoảng 45 phương tiện được quản lý theo quy định.
Tuy nhiên, vẫn còn một số bất cập, tồn tại trong quy định về quản lý tuyến vận tải từ bờ ra đảo. Cụ thể, hiện nay, chưa có Nghị định quy định chung về quản lý tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo trong vùng biển Việt Nam nên việc đăng ký tham gia khai thác tuyến từ bờ ra đảo chưa thống nhất về thủ tục đăng ký.
Trên địa bàn tỉnh Kiên Giang có một số bến thủy nội địa nằm trong vùng nước cảng biển phải chịu sự kiểm tra, quản lý cùng lúc của hai cơ quan nhà nước là Cảng vụ hàng hải và Cảng vụ đường thủy nội địa.
Ngoài ra, có một số phương tiện thủy nội địa chở khách tham quan du lịch quanh đảo Phú Quốc chưa chuyển đổi vùng hoạt động phương tiện. Theo ghi nhận, có khoảng 80 phương tiện, nguyên nhân do các chủ phương tiện không đủ kinh phí bổ sung các trang thiết bị trên phương tiện.
Đối với phương tiện phục vụ vui chơi giải trí dưới nước (môtô nước) chưa thực hiện việc đăng ký, đăng kiểm (do các phương tiện không đủ thành phần hồ sơ), các phương tiện thủy nội địa tham gia hoạt động chở khách tham quan du lịch chưa được cấp phù hiệu tàu thủy vận tải khách du lịch.
Một số thuyền viên, người điều khiển phương tiện chưa có giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, chứng chỉ điều khiển phương tiện phù hợp theo quy định, chưa biết sử dụng các trang thiết bị vô tuyến điện và trang thiết bị an toàn khác (hiện nay trên địa bàn tỉnh Kiên Giang không còn cơ sở đào tạo).
Ông Nguyễn Văn Phạn - Phó Giám đốc Sở GTVT - cho biết, sở kiến nghị tỉnh đề xuất Bộ GTVT tham mưu bổ sung chính sách hỗ trợ, khuyến khích, thúc đẩy doanh nghiệp, đơn vị kinh doanh vận tải chuyển đổi phương tiện xanh và giảm phát thải khí nhà kính trong ngành giao thông vận tải. Sở kiến nghị tỉnh đề xuất Bộ GTVT chỉ đạo Cục Hàng hải Việt Nam phối hợp với đơn vị khai thác sớm đưa Cảng An Thới vào hoạt động và tạo điều kiện thuận lợi cho đơn vị, lực lượng được giao nhiệm vụ thực hiện thủ tục cấp phép cho các phương tiện chở khách tham quan du lịch quanh đảo.
Đề xuất Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải sửa đổi, bổ sung Thông tư số 75 của Bộ Giao thông vận tải quy định đăng ký phương tiện thủy nội địa. Trong đó, quy định thời gian cụ thể cho chủ phương tiện thực hiện thủ tục sang tên hoặc thay đổi tính năng kỹ thuật của phương tiện; thay thế cụm từ: “Chạy chuyên tuyến từ bờ ra đảo hoặc giữa các đảo với khoảng cách giữa hai đầu tuyến không quá 15 km” thành cụm từ “chạy chuyên tuyến từ bờ ra đảo hoặc giữa các đảo với khoảng cách các đảo không quá 15 km”.
Ông Phạn lý giải, thực tế địa bàn tỉnh Kiên Giang có rất nhiều tuyến có đầu tuyến nằm sâu trong sông do khoảng cách giữa 2 đầu tuyến lớn hơn 15 km, còn tính từ bờ ra đảo hoặc giữa các đảo nhỏ hơn 15 km.
Ngoài ra, xem xét quy định các phương tiện thủy nội địa được đăng kiểm cấp phương tiện VR-SI được phép hoạt động tại vùng biển Phú Quốc và Nam Du của tỉnh Kiên Giang (do vùng biển này các hòn đảo gần nhau).