Theo sử sách, sau khi lên ngôi, vua Thiệu Trị (1841) đã cho xây Quốc Tự Diệu Đế (1844) từ khu đất phía Đông kinh thành vốn là phủ đệ bên ngoại của nhà vua.
Vùng đất này là khu vườn nổi tiếng, cây cối xanh tươi và có ưu thế nằm kề bên Ngự Hoa Viên (Ngự Uyển) của triều Nguyễn.
Đây là nơi Hoàng tử Miên Tông (con vua Minh Mạng ra đời), là nơi tiềm để của mẫu hậu và hoàng tử trong thời niên thiếu.
Vua Thiệu Trị (16.6.1807 - 4.10.1847) tên thật là Nguyễn Phúc Miên Tông, là vị hoàng đế thứ ba của Hoàng triều Nguyễn nước Đại Nam. Ông kế vị vua cha là Minh Mạng, trị vì từ năm 1841 đến khi qua đời, tổng cộng 7 năm, được truy tôn miếu hiệu là Hiến Tổ. Sau khi qua đời, ông được thờ ở Thế Miếu và tại Quốc tự Diệu Đế.
