Bảo tàng Đại tướng Nguyễn Chí Thanh hoạt động theo quy định của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch quy định về tổ chức hoạt động của bảo tàng và theo các quy định khác của pháp luật có liên quan.
Ngoài ra, bảo tàng chịu sự quản lý nhà nước của Sở Văn hóa và Thể thao và chính quyền địa phương nơi hoạt động.
Trước đó, Bảo tàng Lịch sử tỉnh và Bảo tàng Hồ Chí Minh tỉnh Thừa Thiên Huế đã tổ chức các lễ bàn giao 32 hiện vật gồm: Sách, báo, vũ khí thô sơ, nồi cơm phục vụ cán bộ cách mạng... do Bảo tàng sưu tập và phục chế để hỗ trợ cho sự ra đời của Bảo tàng Nguyễn Chí Thanh.
Đây là những hiện vật có giá trị lịch sử, phản ánh truyền thống đấu tranh anh dũng kiên cường của Đảng bộ, quân và dân Thừa Thiên Huế dưới sự lãnh đạo của đồng chí Nguyễn Vịnh (tức Đại tướng Nguyễn Chí Thanh) trong thời gian kháng chiến chống Pháp.
Dự kiến, Bảo tàng sẽ chính thức ra mắt vào tháng 7 tới đây nhân kỷ niệm 55 năm ngày mất Đại tướng Nguyễn Chí Thanh.
Đây là bảo tàng ngoài công lập thứ 4 trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế được cấp phép hoạt động.
