Di tích được xây dựng tại khu vực chùa Phi Lai và Tam Bửu. Dù được đầu tư các hạng mục như trụ đỡ mái được cách điệu hình bàn tay cầm chuôi kiếm, khung hộp kính chứa xương cốt được cách điệu hình hoa sen với 8 cạnh bằng nhau.... nhưng việc sắp xếp hài cốt chỉ là “cất giữ” với việc chất chồng lên nhau.
Đến năm 2015, An Giang xây dựng và đưa vào sử dụng di tích Nhà Mồ mới với tổng chi phí lên đến hàng chục tỉ đồng, mong muốn khắc phục nhược điểm và gìn giữ vật chứng lâu dài.
Tuy nhiên, công trình mới này nhanh chóng đón nhận nhiều ý kiến chỉ trích bởi có quá nhiều bất cập. Điển hình là khi có diện tích rộng hơn, nhưng do vẫn giữ nguyên cách xếp chất chồng hài cốt lên nhau như cũ nên vẫn chưa đem lại trọn vẹn cảm xúc chiến tranh ở người xem.
Thậm chí, có ý kiến còn cho rằng các bộ xương đang cất tiếng “khóc” khi việc sắp xếp rất xô bồ với xương chân nằm phía trên xương sọ... Ngoài ra, việc dùng khay nhựa để chứa xương, hoặc để nhiều ô bên trong Nhà Mồ trong tình trạng trống rỗng... dễ làm người xem “cảm xúc ngược”.
Người dân mong muốn ngành chức năng quan tâm đầu tư để di tích Nhà Mồ Ba Chúc xứng danh là “vật chứng” của “bản cáo trạng về tội ác diệt chủng Pôn Pốt” và là nơi truyền lửa yêu nước đến thế hệ trẻ yêu chuộng hòa bình.