Ông Nguyễn Thanh Long sinh ngày 3.9.1966 tại xã Bạch Long, huyện Giao Thủy, tỉnh Nam Định.
Ông tốt nghiệp Thạc sĩ y khoa chuyên ngành truyền nhiễm, Đại học Y Hà Nội năm 1995; Tiến sĩ y khoa năm 2003; Phó Giáo sư y học năm 2009; Giáo sư y học năm 2013.
Từ năm 1995 đến năm 2003, ông là chuyên viên Vụ Y tế dự phòng, Bộ Y tế.
Từ tháng 12.2003 đến tháng 5.2005, ông là Trưởng phòng Kiểm soát và phòng chống HIV/AIDS, Cục Y tế dự phòng và phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế.
Từ tháng 6.2005 đến tháng 3.2008, ông là Phó Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế.
Từ tháng 3.2008 đến tháng 11.2011 là Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS.
Từ tháng 12.2011 đến tháng 10.2018, ông là Ủy viên Ban Cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Y tế, phụ trách lĩnh vực y tế dự phòng.
Ngày 30.10.2018, Ban Bí thư Trung ương Đảng quyết định điều động, bổ nhiệm ông Nguyễn Thanh Long giữ chức Phó Trưởng ban Tuyên giáo Trung ương.
Ngày 31.1.2020, trong bối cảnh dịch bệnh COVID-19 diễn biến phức tạp trên thế giới, bắt đầu được ghi nhận tại Việt Nam, với uy tín trong lĩnh vực y học dự phòng, ông được Thủ tướng Chính phủ điều động, bổ nhiệm tái giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế từ 31.1.
Việc giao Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long làm quyền Bộ trưởng Bộ Y tế vào thời điểm này được đánh giá là phù hợp để ngành y tế tiếp tục phát huy thế mạnh và đảm bảo tiếp tục thực hiện tốt các hoạt động phòng chống dịch bệnh, đặc biệt là dịch bệnh COVID-19 và nâng cao hơn công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân trong thời gian tới.
