Trong đó, có nhiều dự án trạm BOT "đặt nhầm chỗ" trên Quốc lộ thay vì phải đặt trên tuyến tránh.
Tại báo cáo, Bộ GTVT đánh giá: Một số bất cập với BOT là việc kiểm soát chi phí đầu tư chưa chặt chẽ, còn tồn tại, sai sót trong quá trình thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư, dự toán xây dựng công trình; hầu hết các dự án đều áp dụng hình thức chỉ định thầu nhà đầu tư. Mặc dù quy định của pháp luật cho phép và việc chỉ định thầu cơ bản tuân thủ đúng quy định pháp luật, tuy nhiên việc chỉ định thầu đã hạn chế tính cạnh tranh.
Việc công bố danh mục kêu gọi đầu tư, đăng thông tin kết quả lựa chọn nhà đầu tư chưa chặt chẽ... dẫn đến dư luận nghi ngờ về tính minh bạch; Chưa có giải pháp quản lý hiệu quả về doanh thu thu phí dẫn đến dư luận còn nghi ngờ về tính minh bạch trong việc quản lý doanh thu; Chính sách phí (nay là giá dịch vụ sử dụng đường bộ) còn bất cập, còn có nhiều cách hiểu khác nhau.
Về vị trí trạm thu giá, theo Bộ GTVT, có 56 trạm đặt trên các tuyến quốc lộ hoàn vốn cho dự án cải tạo nâng cấp các quốc lộ, xây dựng các cầu mới.
Trong đó, có 3 trạm nằm ngoài phạm vi dự án là trạm Tào Xuyên, trạm Cầu Rác, trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài. 6 trạm đặt trên tuyến chính hoàn vốn cho 6 dự án đầu tư nâng cấp tuyến chính và xây dựng tuyến tránh là trạm Nam Cầu Giẽ, trạm Bến Thủy, trạm Quán Hàu, trạm Trảng Bom tỉnh Đồng Nai, trạm tuyến tránh Thành phố Sóc Trăng, trạm Cai Lậy, Tiền Giang.
6 trạm thu trên cả tuyến quốc lộ và cao tốc khi đầu tư xây dựng tuyến đường cao tốc và cải tạo quốc lộ song hành thuộc 4 dự án là Quốc lộ 6 Hòa Lạc - Hòa Bình, Quốc lộ 3 Thái Nguyên - Chợ Mới, cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn và cao tốc Hà Nội - Hải Phòng). Có 2 trạm thu giá hoàn vốn Dự án đầu tư xây dựng hầm Đèo Cả (hạng mục hầm Hải Vân) là trạm La Sơn - Tuý Loan đặt trên Dự án BT La Sơn - Tuý Loan, trạm Nam Hải Vân.
Với 3 trạm nằm ngoài phạm vi dự án là trạm Cầu Rác (Hà Tĩnh); trạm Tào Xuyên (Thanh Hoá), trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài (Hà Nội), Bộ kiến nghị giữ nguyên vị trí trạm để tiếp tục thu giá hoàn vốn.
Riêng trạm Tào Xuyên, Bộ cho rằng cần tiếp tục cho thu giá tại vị trí hiện nay do việc di chuyển trạm vào tuyến tránh không khả thi về phương án tài chính (nếu di chuyển vào tuyến tránh Nhà nước phải bố trí khoảng 1.489 tỷ đồng hỗ trợ trong vòng 12 năm từ 2018 đến năm 2029 theo phương án tài chính của dự án).
Đối với 3 dự án tại Quốc lộ 6, cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn và cao tốc Hà Nội - Hải Phòng. Theo tính toán, nếu bỏ các trạm thu giá trên các tuyến quốc lộ, phương án tài chính các dự án sẽ không khả thi, nhà nước phải bố trí ngân sách để bù phần thiếu hụt lên đến khoảng 21.000 tỷ đồng (riêng Quốc lộ 5 khoảng 16.000 tỷ đồng).
Trong điều kiện ngân sách khó khăn như hiện nay, phương án này không khả thi, kiến nghị tiếp tục thu giá tại các trạm này. Bộ Giao thông vận tải đã có các chính sách miễn, giảm giá đối với người dân quanh trạm và ưu tiên giảm giá chung cho các phương tiện nếu phương án tài chính của các dự án còn khả thi.
Bộ GTVT cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ theo hướng không lập trạm La Sơn - Tuý Loan, nhà nước bố trí nguồn vốn để hỗ trợ nếu cần. Với trạm Nam Hải Vân, Bộ Giao thông vận tải đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ và đã có quyết định gộp trạm Nam Hải Vân thu chung với trạm Bắc Hải Vân để thu giá hoàn vốn cho 2 dự án hầm Đèo Cả và Dự án hầm Phú Gia - Phước Tượng do cự ly quá gần.
