Trước đó, BTC SEA Games 29 đã đưa ra nguyên tắc bốc thăm và xếp lịch thi đấu môn bóng đá (nam, nữ) và futsal (nam, nữ) sẽ có sự thay đổi so với thông lệ. Cụ thể, ở môn bóng đá nam, 2 đội hạt giống số 1 là Thái Lan (HCV SEA Games 28) và Myanmar (HCB SEA Games 28) sẽ được chia vào 2 bảng lần lượt với mã số A1 và B1. Ngoại trừ chủ nhà Malaysia, 8 đội còn lại sẽ được bốc thăm ngẫu nhiên vào các mã số A2, B2, A3, B3, A4, B4.
Do sẽ có 1 bảng 5 đội và bảng còn lại 6 đội (tổng cộng 11 đội tham dự) nên kết thúc lượt bốc thăm thứ 4, chủ nhà Malaysia sẽ được quyền chọn bảng đấu mà không qua bốc thăm. Nguyên tắc này cũng được áp dụng ở nội dung bóng đá nữ và futsal nam, nữ khi chủ nhà Malaysia được ưu tiên chọn bảng đấu sau khi các đội bốc thăm.
Theo đó, VFF nhận thấy đây là là nguyên tắc bốc thăm lần đầu tiên được áp dụng tại SEA Games và không theo thông lệ quốc tế đang được áp dụng tại các giải thi đấu bóng đá. Điều này thiếu sự khách quan và không đảm bảo cân bằng về chuyên môn giữa các bảng đấu.
VFF đã chính thức đã đề nghị Tổng cục TDTT, Ủy ban Olympic Việt Nam và Đoàn Thể thao Việt Nam xem xét và kiến nghị về vấn đề này trong các cuộc họp sắp tới với BTC SEA Games 29 cũng như trong Hội nghị trưởng đoàn các nước tham dự SEA Games 29.
Vào ngày 1.7 tới, tại cuộc họp Hội đồng LĐBĐ Đông Nam Á tổ chức tại Nha Trang, VFF sẽ có ý kiến chính thức về nguyên tắc bốc thăm môn bóng đá nam, nữ và futsal nam, nữ SEA Games 29 để nhận được sự đồng thuận của LĐBĐ Đông Nam Á và Liên đoàn bóng đá các quốc gia thành viên trong khu vực.
Trong khi đó, phía Tổng cục TDTT cũng cho biết chưa nhận được văn bản chính thức nào của BTC SEA Games 29. Tuy nhiên, nếu trường hợp nguyên tắc trên được đưa ra, Tổng cục TDTT sẽ có ý kiến chính thức bằng văn bản, không đồng thuận với điều không đúng thông lệ của quốc tế này.
Cũng theo Tổng thư ký AFF Ahmad Azzuddin cho biết thì nguyên tắc bốc thăm như vậy chưa từng có ở bất kì đại hội thể thao nào, nhưng AFF không thể can thiệp vào điều lệ mà nước chủ nhà đưa ra.
