2 năm sau kỳ SEA Games ở Malaysia 1989, thể thao Việt Nam tham dự Đại hội Thể thao Đông Nam Á thứ 16 được tổ chức tại Manila, Philippines với sự tăng trưởng cả về lượng và chất. Đoàn gồm với 100 vận động viên, dưới sự dẫn dắt của các ông Đoàn Thao, Nguyễn Văn Trọng và Bùi Huy Cường.
Kết quả, sau 10 ngày thi đấu, số huy chương đoàn thể thao Việt Nam giành được vượt qua thành tích của SEA Games 15 là 10 huy chương (29), trong đó có 7 huy chương vàng. Ở Manila, các xạ thủ như Đặng Thị Đông, Ngô Ngân Hà, Nguyễn Quốc Cường vẫn là những lá cờ đầu của thể thao Việt Nam, khi cùng các đồng đội mang về 4 tấm huy chương vàng. Họ còn phá 2 kỷ lục SEA Games và 1 kỷ lục châu Á ở môn Bắn súng.
Nhưng bên cạnh đó, thể thao Việt Nam cũng lần đầu tiên chứng kiến những tấm huy chương vàng ở các môn khác. Đó là chức vô địch Bóng bàn đồng đội nữ của 2 tay vợt Trần Thu Hà và Nhan Vị Quân. 2 tay vợt Việt Nam thắng tuyệt đối ở vòng bảng, lần lượt vượt qua các đối thủ Singapore, Malaysia, Myanmar cùng tỉ số 3-0, giành quyền vào bán kết. Tại đó, Thu Hà và Vị Quân thắng tiếp cặp của Thái Lan 3-0, trước khi trải qua trận chung kết với đối thủ Indonesia rất mạnh và giành chiến thắng 4-1.
2 huy chương vàng còn lại thuộc về các môn võ, là Judo hạng dưới 48 kg nữ của Cao Ngọc Phương Trinh và Trần Quang Hạ ở hạng 58kg nam môn Taekwondo.
SEA Games 1991 đó, bóng đá Việt Nam góp mặt lần đầu tiên, nhưng với câu chuyện lùm xùm liên quan đến nhân sự từ thời điểm tập trung (11 cầu thủ bỏ về vì điều kiện ăn ở, sân bãi kém, không được lãnh đạo quan tâm), nên tuyển Việt Nam chỉ có kết quả hòa 1, thua 2 và bị loại với vị trí cuối bảng B.
Tuy có 7 huy chương vàng nhưng thể thao Việt Nam vẫn chưa cải thiện được vị trí toàn đoàn vẫn xếp thứ 7 chung cuộc (chỉ hơn Brunei và Lào – 2 quốc gia không giành huy chương vàng nào). Indonesia xếp số 1 với 92 huy chương vàng, trong khi chủ nhà Philippines đứng thứ 2 (91) và Thái Lan đứng thứ 3 (72).
Bảng thành tích của thể thao Việt Nam tại SEA Games 1991
7 huy chương vàng - Đặng Thị Đông: súng trường tiêu chuẩn. - Đồng đội súng trường tiêu chuẩn (Đặng Thị Đông, Ngô Ngân Hà, Nguyễn Bùi Thiết). - Trịnh Quốc Việt: súng ngắn bắn nhanh. - Đồng đội súng ngắn bắn nhanh (Trịnh Quốc Việt, Nguyễn Quốc Cường, Lê Tuấn Đồng). - Trần Quang Hạ: taekwondo hạng 58 kg. - Trần Thu Hà, Nhan Vị Quân: đồng đội nữ bóng bàn. - Cao Ngọc Phương Trinh: judo hạng 48 kg.
12 huy chương bạc - Trần Văn Phiến: súng ngắn bắn chậm nam. - Đồng đội nam súng ngắn stangda (Phạm Cao Sơn, Nguyễn Quốc Cường, Lê Tuấn Đồng). - Nguyễn Tấn Nam: súng trường 3 tư thế. - Đồng đội súng trường 3 tư thế (Đặng Thị Đông, Ngô Ngân Hà, Nguyễn Bùi Thiết). - Trần Văn Phiến: súng ngắn hơi. - Đồng đội súng ngắn hơi (Trần Văn Phiến, Ngô Việt Cường, Phạm Cao Sơn). - Đặng Thị Đông: súng trường stangda 3 tư thế. - Đồng đội súng trường stangda 3 tư thế (Đặng Thị Đông, Ngô Ngân Hà, Nguyễn Bùi Thiết). - Đồng đội súng trường 60 viên nằm nam (Trương Anh Dũng, Trần Quang Vinh, Nguyễn Tiến Trung). - Nhan Vị Quân: đơn nữ bóng bàn. - Lê Thị Kim Hương: taekwondo hạng 69 kg. - Vũ Mỹ Hạnh: nhảy cao nữ.
10 huy chương đồng - Trương Anh Dũng: súng trường 60 viên nằm. - Phạm Cao Sơn: súng ngắn stangda. - Đặng Thị Đông: súng trường hơi nữ. - Đồng đội nam bóng bàn (Trần Tuấn Anh, Vũ Mạnh Cường, Lý Minh Triết, Đào Lê Hoà, Nguyễn Minh Hiền). - Trần Tuấn Anh: đơn nam bóng bàn. - Nguyễn Minh Hiền: đơn nam bóng bàn. - Nguyễn Đăng Khánh: taekwondo hạng 70 kg. - Nguyễn Thu Hằng: chạy 100 m rào nữ. - Nguyễn Như Cường: quyền anh hạng 57 kg. - Đoàn Quốc Tuấn: quyền anh hạng 63,5 kg.
