HĐXX nhận định, ngoài tội tham ô tài sản, bị cáo Phương còn có hành vi lạm dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ nhưng chưa được điều tra. Năm 2014, bị cáo Kỉnh giao toàn bộ việc thu phí cho Phương mà không có cơ chế theo dõi, kiểm soát. Từ đó, Phương lợi dụng sự buông lỏng quản lý, thu phí sai quy định, không hạch toán, bỏ ngoài sổ sách, tự ý chi tiêu, sử dụng và tham ô chiếm đoạt tiền thu phí tham quan tại đảo Hòn Mun, vịnh Nha Trang.
Tổng số tiền thu phí năm 2014 là hơn 4,8 tỉ đồng, trong đó tiền nộp ngân sách hơn 4,4 tỉ đồng, quyết toán phí, lệ phí hơn 3 tỉ đồng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước hơn 1,4 tỉ đồng. Riêng Phương chiếm đoạt hơn 762 triệu đồng. Đáng nói, bị cáo Phương từng bị xử phạt về tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản.