Quá trình điều tra bổ sung, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) đã làm rõ thủ đoạn chiếm đoạt tiền hoàn thuế của các công ty do Trịnh Tiến Dũng (đang bỏ trốn) điều hành cũng như xác định sai phạm của nhóm cán bộ thuế TPHCM, trong đó có Phó Cục trưởng Nguyễn Thị Bích Hạnh.
Cụ thể, từ năm 2017 đến 2019, Trịnh Tiến Dũng điều hành nhiều doanh nghiệp trong và ngoài nước để lập hồ sơ mua bán lòng vòng, đặc biệt trong xuất nhập khẩu hàng hóa linh kiện điện tử.
Sau khi làm thủ tục xuất khẩu linh kiện điện tử đi Mỹ, Campuchia, UAE, Singapore, thông qua các đầu mối trung gian, Dũng cho tổ chức lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) để chiếm đoạt tiền của Nhà nước.
Từ tháng 2.2018 - 6.2019, Dũng chỉ đạo cấp dưới móc nối với cán bộ, lãnh đạo Công ty Nhà Thủ Đức (Thuduc House) để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài.
Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỉ đồng), thuế GTGT hàng xuất khẩu bằng 0%.
Để hợp thức đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty có giá trị hơn 4.000 tỉ đồng, trong đó tiền thuế GTGT là 10%.
Thuduc House sau đó lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TPHCM đề nghị hoàn thuế GTGT hơn 365 tỉ đồng và chiếm đoạt.
Quá trình điều tra, C03 xác định các doanh nghiệp F1, F2 kê khai thuế tiền thuế GTGT phải nộp liên quan đến số tiền hoàn thuế tại Thuduc House là không đáng kể. Các doanh nghiệp F4, F5 là các công ty không có thật.
Qua xác minh tài khoản ngân hàng tại Công ty Thanh Hương (F5) cho thấy nguồn tiền đầu vào có nguồn gốc từ Thuduc House chuyển lòng vòng qua các Công ty F2, F3, F4 rồi đến công ty Thanh Hương. Cuối cùng, một số cá nhân rút tiền ra khỏi ngân hàng hoặc chuyển vào tài khoản cá nhân.
C03 xác định, các tổ chức, cá nhân thu lợi bất chính từ tiền thuế GTGT bị chiếm đoạt bao gồm: Thuduc House 0,6%; Thuduc House Wood Trading 0,1% giá trị tiền hàng xuất khẩu; Công ty TNHH An Lành Phát thu lợi tiền tương ứng với số tiền chênh lệch nhận từ Thuduc House Wood Trading và chi ra cho các doanh nghiệp F4...
Theo kết luận bổ sung, C03 cho rằng, quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho Thuduc House, nhóm bị can là cán bộ Cục Thuế TPHCM đã không tuân thủ các quy định của pháp luật về quản lý thuế cũng như các quy trình, quy định trong việc xét duyệt, thẩm định việc hoàn thuế GTGT.
Do đó, các bị can đã không phân tích, đánh giá, đối chiếu số liệu, chứng từ, điều kiện, thủ tục với hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra...
Đối với 15 lần hoàn thuế trước kiểm tra, các bị can vi phạm khi không kiểm tra điều kiện hoàn thuế theo diện: "Cơ sở kinh doanh có hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu"; không yêu cầu doanh nghiệp xuất trình các chứng từ, tài liệu chứng minh nguồn gốc xuất xứ hàng hoá.
Tại các văn bản đề xuất, thẩm định hồ sơ đề nghị hoàn thuế, chính cán bộ, lãnh đạo Cục thuế TPHCM đã đánh giá mức độ rủi ro đối với từng hồ sơ hoàn thuế, kiến nghị kiểm tra, xác minh nhưng vẫn tiếp tục hoàn thuế cho Thuduc House.
Thậm chí, giai đoạn thanh tra sau hoàn thuế, khi được Phòng chuyên môn báo cáo về dấu hiệu rủi ro hồ sơ hoàn thuế GTGT của Thuduc House, song lãnh đạo phụ trách là bà Nguyễn Thị Bích Hạnh - Cục phó Cục thuế TPHCM cùng cán bộ được phân công thực hiện đã chây ì, chậm trễ trong việc tổ chức thanh tra để có điều kiện phát hiện, ngăn chặn sai phạm...
Sai phạm đó khiến hơn 365 tỉ đồng của Nhà nước bị Thuduc House chiếm đoạt.
C03 đã đề nghị truy tố 60 bị can về 9 tội danh là: "Buôn lậu; Vận chuyển trái phép hàng hóa tiền tệ qua biên giới; Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Nhận hối lộ; Sản xuất, buôn bán hàng giả; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng...".
Trong đó, nhóm cán bộ Cục thuế TPHCM bị cáo buộc "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí".
