Các bị cáo bị tuyên phạm tội "Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" theo Điều 165 Bộ Luật Hình sự năm 1999 (sửa đổi năm 2009) và áp dụng những tình tiết giảm nhẹ cho các bị báo theo Bộ Luật Hình sự năm 2015. Cụ thể hình phạt như sau:
Bị cáo Nguyễn Tài - nguyên Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa 12 năm tù;
Bị cáo Nguyễn Kích - nguyên Giám đốc Trung tâm phát triển Quỹ đất huyện Đông Hòa 8 năm tù;
Bị cáo Huỳnh Ngọc Thắng - nguyên Phó Giám đốc Trung tâm phát triển Quỹ đất huyện Đông Hòa 4 năm tù;
Bị cáo Huỳnh Ngọc Sương, nguyên Phó Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa: 3 năm tù treo;
Bị cáo Nguyễn Kỳ Tổng - nguyên Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Đông Hòa và Lê Văn Hoàng - nguyên Chủ tịch UBND xã Hòa Tâm, Bùi Xuân Quang - nguyên nhân viên Trung tâm phát triển Quỹ đất huyện Đông Hòa cùng bị phạt 2 năm 6 tháng tù treo;
Bị cáo Dương Văn Nhân - Phó Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Đông Hòa) và Nguyễn Dương Tiến Hùng - cán bộ Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Đông Hòa, Võ Tấn Vinh - nguyên cán bộ Phòng Tài chính huyện Đông Hòa cùng bị phạt 2 năm tù treo;
Các bị cáo Nguyễn Trình Văn, Nguyễn Văn Sơn, Nguyễn Thị Huỳnh Dung - cán bộ Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Đông Hòa, Huỳnh Công Dự - cán bộ phòng Kinh tế hạ tầng huyện Đông Hòa, Trần Trọng Duy - nguyên nhân viên Trung tâm Phát triển Quỹ đất huyện Đông Hòa cùng bị phạt 1 năm 6 tháng tù treo;
Bị cáo Nguyễn Hữu Phí - người hưởng lợi trong việc giải phóng mặt bằng ở xã Hòa Tâm: 1 năm tù treo.
Hội đồng xét xử cũng tuyên các bị cáo có liên đới với nhau để bồi thường số tiền đã gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước là hơn 9,2 tỷ đồng.
Cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên, xác định, từ 7.2013 - 4.2014, trong quá trình thực hiện đền bù giải phóng mặt bằng, hỗ trợ tái định cư dự án Nhà máy Lọc dầu Vũng Rô, các cán bộ trên đã cố ý không thực hiện đúng các quy định của Nhà nước trong việc đền bù, giải phóng mặt bằng, gây thiệt hại đối với Nhà nước hơn 9,2 tỉ đồng.
Cụ thể, những cán bộ trên đã bồi thường về đất không đủ mật độ, đất lấn chiếm, nhà cất trái phép, hỗ trợ chuyển đổi nghề nghiệp cho cán bộ đang công tác, cán bộ hưu trí, những người ở ngoài tỉnh, không trực tiếp sản xuất, không có hộ khẩu tại địa phương…
Ngoài ra, các cán bộ này còn lập, hợp thức hồ sơ bồi thường, hỗ trợ diện tích nuôi thủy sản vượt mức, đứng tên nhiều người khác để nhận tiền cao hơn quy định.