Ông Tài bị bắt tạm giam để điều tra về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, chỉ đạo làm trái quy định của Nhà nước” trong việc lập hồ sơ, thẩm định, phê duyệt phương án bồi thường hỗ trợ tái định cư dự án Nhà máy lọc dầu Vũng Rô tại xã Hòa Tâm (huyện Đông Hòa) gây hậu quả nghiêm trọng (theo khoản 3, Điều 165 BLHS năm 1999).
Từ tháng 7.2013 - 4.2014, Nguyễn Tài; Huỳnh Ngọc Sương - Phó Chủ tịch UBND huyện kiêm trưởng ban đền bù giải phóng mặt bằng dự án; Nguyễn Kích - Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện, Phó trưởng ban thường trực Ban bồi thường GPMB dự án, tổ trưởng tổ kiểm kê; Huỳnh Ngọc Thắng - Phó Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện, thành viên đền bù giải phóng mặt bằng dự án, thành viên tổ kiểm kê cùng 11 cán bộ khác thuộc các phòng TNMT, Kinh tế và Hạ tầng, NNPTNT huyện, UBND xã Hòa Tâm và ông Nguyễn Hữu Phí đã có hành vi thực hiện không đúng quy định của Nhà nước trong việc đền bù, hỗ trợ dự án giải phóng mặt bằng tại dự án trên.
Cụ thể là thực hiện bồi thường về đất không đủ mật độ cây trồng, đất lấn chiếm, nhà cất trái phép cho 3 trường hợp; hỗ trợ chuyển đổi nghề nghiệp và tạo việc làm cho cán bộ đang công tác, cán bộ hưu trí, những người ở ngoài tỉnh, không trực tiếp sản xuất, không có hộ khẩu và không đăng ký tạm trú ở địa phương 9 trường hợp; lập hợp thức hồ sơ bồi thường, hỗ trợ diện tích đất nuôi trồng thủy sản vượt hạn mức cho 1 đối tượng, đứng tên 4 người khác để nhận tiền cao hơn so với quy định của pháp luật. Hành vi của các đối tượng đã làm thiệt hại Nhà nước số tiền hơn 9.2 tỉ đồng.
Liên quan đến vụ án này, ngày 14.9.2016, TAND tỉnh Phú Yên tuyên án đối với 16 bị cáo trong vụ án cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại UBND huyện Đông Hòa (Phú Yên). Theo đó, bị cáo Nguyễn Tài lĩnh 12 năm tù, Nguyễn Kích 10 năm tù, Huỳnh Ngọc Thắng 4 năm tù.
Sau đó, tòa phúc thẩm đã tuyên hủy án để điều tra lại vì có dấu hiệu của tội lợi dụng chức vụ trong khi thi hành công vụ.
