Theo các kết luận điều tra, vào ngày 15.4.2016, Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội đã triển khai thông báo mời thầu gói thầu "Số hóa tài liệu hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trên địa bàn thành phố Hà Nội năm 2016".
Thời gian phát hành hồ sơ mời thầu từ 9h ngày 21.4.2016 đến trước 10h ngày 16.5.2016. Hình thức đấu thầu rộng rãi trong nước.
Đến trước thời điểm đóng thầu đã có 6 nhà thầu mua hồ sơ dự thầu và có 4 nhà thầu đến nộp hồ sơ dự thầu, đủ điều kiện để mở thầu theo quy định.
Tuy nhiên, báo cáo của Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội cho biết đã nhận được ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố (ông Nguyễn Đức Chung) về việc tạm dừng đối với gói thầu trên, Sở đã thông báo tới các nhà thầu về việc tạm dừng triển khai lựa chọn nhà thầu gói thầu Số hóa tài liệu hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trên địa bàn thành phố năm 2016.
Sau đó, Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội đề nghị UBND thành phố xem xét, cho phép tiếp tục triển khai thực hiện đối với gói thầu số hóa tài liệu năm 2016 để đảm bảo thời gian thực hiện.
Trong lúc chờ mời thầu trở lại, Công ty TNHH giải pháp phần mềm Nhật Cường (Nhật Cường Software) đã đề nghị Sở Kế hoạch- Đầu tư thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp.
Điều đáng nói, Nhật Cường Software mới chỉ thành lập năm 2016 (được cấp giấy phép hoạt động ngày 29.1.2016).
Tháng 8.2016, Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội đã có văn bản đề xuất Chủ tịch UBND Hà Nội cho phép Nhật Cường Software thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp của Sở theo giải pháp kỹ thuật công nghệ doanh nghiệp đề xuất và thực hiện miễn phí. Đề xuất này nhanh chóng được Chủ tịch Chủ tịch UBND Hà Nội là ông Nguyễn Đức Chung đồng ý.
Tháng 9.2016, Nhật Cường Software có báo cáo kết quả số hóa giai đoạn 1 (mới hoàn thành được việc scan văn bản) nhưng đã được Sở KH-ĐT Hà Nội quy định là “có kinh nghiệm, đã thực hiện thí điểm”. Việc bổ sung thêm điều kiện giúp doanh nghiệp Nhật Cường thắng thầu.
Đến ngày 26.12.2016, liên danh Công ty Nhật Cường và Công ty Đông Kinh trúng thầu và thực hiện gói thầu với Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội. Thời gian thực hiện hợp đồng là 265 ngày. Tuy nhiên Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội đã nhiều lần gia hạn, liên danh Công ty Nhật Cường - Công ty Đông Kinh được “ưu ái” kéo dài thời gian thực hiện gói thầu gấp đôi so với hợp đồng. Tổng giá trị của hợp đồng lên tới gần 43 tỉ đồng.
Liên quan đến gói thầu này, Cơ quan điều tra đã khởi tố bắt tạm giam hàng loạt cựu lãnh đạo Sở KH-ĐT Hà Nội. Trong đó có Nguyễn Văn Tứ (Chánh văn phòng thành ủy Hà Nội), Phạm Thị Thu Hường (cựu chánh văn phòng Sở Kế hoạch - đầu tư Hà Nội), Nguyễn Tiến Học (cựu phó giám đốc Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội), Phạm Thị Kim Tuyến (cựu trưởng phòng đăng ký kinh doanh Sở Kế hoạch - Đầu tư) và Lê Duy Tuấn (giám đốc kinh doanh Công ty TNHH đầu tư và phát triển Đông Kinh)...
Ngày 23.7.2021, căn cứ kết quả điều tra và tài liệu chứng cứ thu thập được về hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016 tại Sở Kế hoạch- Đầu tư Hà Nội, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bổ sung vụ án và Quyết định khởi tố bị can đối với ông Nguyễn Đức Chung, tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ quy định tại Điều 281 Bộ luật hình sự năm 1999.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn Quyết định khởi tố bị can, ngày 24.7.2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các quyết định đảm bảo đúng quy định của pháp luật.
