Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ban hành kết luận điều tra vụ án "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi" xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Trong số 20 bị can có các ông: Đinh La Thăng (cựu Bộ trưởng Giao thông vận tải); Nguyễn Hồng Trường (cựu Thứ trưởng); Đinh Ngọc Hệ (cựu Chủ tịch hội đồng quản trị, cựu tổng giám đốc Công ty Thái Sơn.
Ngoài ra, Cơ quan điều tra cũng đề nghị xử lý hành chính nhiều lãnh đạo cấp cục, vụ một loạt bộ - ngành.
Theo kết luận điều tra, các thành viên Hội đồng bán đấu giá tài sản, gồm ông La Văn Thịnh (Phó Cục trưởng Cục Quản lý công sản Bộ Tài chính); ông Hồ Hữu Hòa (Phó Vụ trưởng Vụ Pháp chế Bộ GTVT); ông Nguyễn Văn Bốn (Cục trưởng cục Bổ trợ tư pháp Bộ Tư pháp); ông Nguyễn Xuân Cường (Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Đường bộ Việt Nam).
Kết quả điều tra xác định các cá nhân trên không nhận được báo cáo của tổ thường trực giúp việc về việc báo cáo kết quả đánh giá hồ sơ năng lực của Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An; không được chủ tịch Hội đồng bán đấu giá mời họp để đánh giá hồ sơ tham gia đấu giá quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương của Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An.
Ngoài ra, hai ông Thịnh và Hòa tham gia, ký vào biên bản bán đấu giá ngày 15.11.2013. Tuy nhiên, Cơ quan điều tra cho rằng do quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương là tài sản đường bộ mang tính chất chuyên ngành, đặc thù, theo đó Bộ Giao thông vận tải là cơ quan chủ trì trong quá trình thực hiện việc chuyển giao quyền thu phí theo chủ trương của Chính phủ.
Theo Cơ quan điều tra, việc ông Thịnh và Hòa ký vào biên bản bán đấu giá chỉ mang tính chất thủ tục theo quy chế bán đấu giá quyền thu phí đã được phê duyệt.
Kết luận điều tra: chưa đủ cơ sở để xử lý hình sự nhưng cần phải xử lý hành chính nghiêm khắc.
Các thành viên tổ thường trực giúp việc cho Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương, gồm ông Lê Trung Khê (chuyên viên Vụ Tài chính Tổng cục đường bộ); bà Phạm Thị Tuyết (chuyên viên Cục Quản lý công sản Bộ Tài chính)...
Các cá nhân nêu trên đã ký vào biên bản họp tổ thường trực giúp việc Hội đồng bán đấu giá lần thứ nhất ngày 4.11.2013 về việc đánh giá hồ sơ tham dự đấu giá của Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An, nhưng thực tế không tham gia cuộc họp của tổ thường trực giúp việc để đánh giá năng lực tài chính của 2 Công ty nêu trên.
Cơ quan điều tra nhận định các cá nhân này khi thực hiện không có động cơ, mục đích, không bị ép buộc và không được hưởng lợi gì từ việc làm này. Do đó, chưa đủ cơ sở để xử lý hình sự, nhưng cần phải xử lý hành chính nghiêm khắc.
Cơ quan điều tra kết luận quá trình quản lý việc thanh toán tiền trúng đấu giá, ngay khi Công ty Yên Khánh thanh toán không đúng hạn hợp đồng, Tổng công ty Cửu Long đã có 12 văn bản báo cáo Bộ GTVT.
Bộ GTVT sau đó có 12 văn bản chỉ đạo nhưng đều không đề nghị chấm dứt trước hạn hợp đồng theo quy định, thu hồi quyền thu phí.
Trong số các văn bản chỉ đạo nêu trên của Bộ, cơ quan điều tra xác định ông Nguyễn Văn Thể tại thời điểm đó, với vai trò là Thứ trưởng Bộ GTVT, đã ký 3 văn bản.
Bộ Công an kết luận việc ông Nguyễn Văn Thể ký các văn bản chỉ đạo trong năm 2015 và chủ trì kết luận nhiều cuộc họp có nội dung như trên là thực hiện không đúng quy định của pháp luật, hợp thức hóa các nội dung Công ty Yên Khánh đề xuất.
