Theo kết quả điều tra ban đầu xác định, trong năm 2021, HĐND tỉnh Ninh Bình có Nghị quyết về việc hỗ trợ phát triển kinh tế nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, ứng dụng công nghệ cao, hình thức sản xuất tiên tiến, bền vững trên địa bàn tỉnh Ninh Bình, hỗ trợ cơ giới hóa nông nghiệp, gồm: mua sắm máy móc, thiết bị nông nghiệp và phục vụ nông nghiệp; ưu tiên cấy lúa, sơ chế, sấy, bảo quản nông sản, với mức hỗ trợ 50% kinh phí mua sắm máy móc, thiết bị, tối đa không quá 150 triệu đồng/máy.
HĐND huyện Yên Khánh (Ninh Bình) cũng ban hành Nghị quyết quy định hỗ trợ máy cấy nhưng tối đa không quá 70 triệu/dàn máy, và không vượt quá 29% tổng giá trị dàn máy.
Với vai trò là Chủ tịch HĐQT kiêm Giám đốc Hợp tác xã Thương mại dịch vụ dược liệu Khánh Thủy (có trụ sở tại xã Khánh Thủy, huyện Yên Khánh, Ninh Bình) đã lợi dụng chủ trương trên, để mua 1 chiếc máy cấy lúa đã qua sử dụng, sau đó làm hồ sơ xác nhận là máy mới 100%; mua 2 hệ thống máy sấy lúa với giá rẻ rồi làm hồ sơ nâng khống giá trị lên để hưởng mức hỗ trợ nhiều hơn so với thực tế, chiếm đoạt của Nhà nước số tiền hơn 283 triệu đồng.
Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Ninh Bình đã quyết định khởi tố bị can, bắt bị can để tạm giam, khám xét nơi làm việc và chỗ ở đối với Vũ Văn Nghĩa.
