Theo cáo trạng, năm 2016, Saigon Co.op xin chủ trương mua lại chuỗi siêu thị Big C Việt Nam và được UBND TPHCM chấp thuận. Sau đó, tài khoản huy động vốn của Saigon Co.op nhận được 3.000 tỉ đồng của 56 công ty góp vốn.
Theo cơ quan điều tra, từ tháng 6.2016 đến tháng 3.2018, bị cáo Diệp Dũng đã không thông qua Hội đồng quản trị Saigon Co.op mà tự ý chỉ đạo các cá nhân tại Phòng Tài chính, Phòng Kế toán của Saigon Co.op thực hiện các thủ tục để chuyển số tiền 1.000 tỉ đồng từ 3.000 tỉ đồng huy động vốn đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam, rồi tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Cổ phần địa ốc Đại Á và Công ty Cổ phần đầu tư phát triển Đô Thị Mới với số tiền 1.000 tỉ đồng trên.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Cổ phần đầu tư phát triển Đô Thị Mới và Công ty Cổ phần địa ốc Đại Á, Saigon Co.op được nhận tỉ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Tuy nhiên, sau đó bị cáo Dũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm, gây thiệt hại cho Saigon Co.op hơn 115 tỉ đồng.
Ngoài ra, Cơ quan Điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ cho tất cả các bị cáo trong vụ án do có thái độ hợp tác trong quá trình điều tra, đã thành khẩn nhận tội và tự nguyện nộp một phần tiền khắc phục hậu quả, nhân thân tốt, có nhiều thành tích xuất sắc trong quá trình công tác trước đây...
Ngoài vụ án này, tháng 4.2022, Diệp Dũng bị TAND TPHCM tuyên phạt 2 năm tù về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước theo Điều 337 Bộ luật Hình sự.
