Trong đó, 4 đối tượng bị khởi tố về tội “Khủng bố nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”, gồm: Nguyễn Khanh (sinh năm 1964), Nguyễn Tấn Thành (sinh năm 1990), Dương Bá Giang (sinh năm 1971), Vũ Hoàng Nam (sinh năm 1969); 3 đối tượng bị khởi tố về tội “Mua bán trái phép chất nổ", gồm: Nguyễn Trung Trực (sinh năm 1982), Nguyễn Minh Nhật (sinh năm 1991), Nguyễn Khắc Sinh Nhật (sinh năm 1981).
Nguyễn Khanh được xác định cầm đầu ở trong nội địa. Khanh gốc là nông dân, mới học hết lớp 5. Được biết, khoảng năm 2013, các tổ chức phản động lưu vong ở nước ngoài bắt đầu móc nối để lôi kéo, dụ dỗ Khanh tham gia tổ chức khủng bố có tên gọi là Triều đại Việt Nguyễn. Khanh được các đối tượng từ nước ngoài hứa sẽ phong chức tước cao sau khi lật đổ chính quyền nhân dân, sẽ có nhiều bổng lộc và quyền lực.
Nguyễn Khanh khai nhận hơn 100 triệu đồng từ tổ chức nước ngoài để gây ra vụ nổ tại trụ sở Công an phường 12, quận Tân Bình. Nguyễn Khanh cũng là đối tượng chế tạo quả nổ.
Nguyễn Tấn Thành (sinh năm 1990) là con của Nguyễn Khanh. Khi Nguyễn Khanh liên lạc mua thuốc nổ thì giao cho Thành đi giao nhận. Thành giúp sức cho Khanh chế tạo quả nổ. Thành cũng có quan hệ riêng với Lisa Phạm, là đối tượng có tham gia tổ chức ở nước ngoài.
Dương Bá Giang (sinh năm 1971, ngụ xã Bắc Sơn, huyện Trảng Bom, tỉnh Đồng Nai) được xác định là người sử dụng thuốc nổ, lắp ráp thuốc nổ với hệ thống điều khiển từ xa. Giang vốn là thợ sửa xe, có quen biết với một người chuyên gắn thiết bị tự động từ xa trên xe máy nên nhờ hướng dẫn chế tạo thiết bị điều khiển từ xa điều khiển quả nổ tại trụ sở Công an phường 12, quận Tân Bình.
Khanh cũng chế tạo thiết bị điều khiển từ xa để điều khiển ngòi nổ gắn vào các quả nổ mà Nguyễn Khanh chế tạo ra trước đó. Trước khi gây ra vụ nổ vào ngày 20.6, cha con ông Nguyễn Khanh đã thử nghiệm 3 vụ nổ ở những khu đất trống để kiểm tra.
Vũ Hoàng Nam (sinh năm 1996, ngụ đường Đồng Đen, phường 14, quận Tân Bình), được xác định có tham gia biểu tình ngày 10.6 ở quận 1, TP.HCM. Vũ Hoàng Nam cũng được xác định là đối tượng gắn quả nổ tại trụ sở Công an phường 12, quận Tân Bình ngày 20.6.2018.
Ngoài ra, 3 đối tượng khác gồm: Nguyễn Trung Trực (sinh năm 1982), Nguyễn Minh Nhật (sinh năm 1991), Nguyễn Khắc Sinh Nhật (sinh năm 1981) cùng ở Đắk Nông. 3 đối tượng này mua thuốc nổ ở Lào từ nguồn khai thác sau chiến tranh. Để có thuốc nổ, Nguyễn Khanh liên hệ mua của nhóm Nguyễn Trung Trực, Nguyễn Minh Nhật và Nguyễn Khắc Sinh Nhật. Tuy nhiên, cả 3 người này khai không biết Khanh mua về dùng vào mục đích khủng bố, mà chỉ biết Khanh mua thuốc nổ về phục vụ mục đích đào giếng.
Qua khám xét nơi ở nhà hai cha con Nguyễn Khanh, cơ quan công an cũng thu giữ được 38 kíp nổ, 8 quả nổ tự chế đã được chế tạo thành công, 10kg thuốc nổ loại TNT…