Quyết định số 544/QĐ-TTg, ngày 21.4.2020 của Thủ tướng cũng nêu rõ Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Đồn là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh cho nhà đầu tư trong Khu kinh tế Vân Đồn theo quy định của pháp luật.
Về cơ cấu tổ chức và biên chế, Ban Quản lý gồm Trưởng ban và không quá 2 Phó Trưởng ban. Phó Trưởng ban do Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ninh bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban.
Biên chế công chức của Ban Quản lý do UBND tỉnh Quảng Ninh quyết định trong tổng biên chế hành chính được cấp có thẩm quyền giao, bảo đảm không làm tăng tổng số biên chế công chức của tỉnh và thực hiện lộ trình tinh giản biên chế theo quy định.
Thủ tướng giao UBND tỉnh Quảng Ninh có trách nhiệm quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế của Ban Quản lý bảo đảm phù hợp với các quy định, pháp luật.
Thời gian thực hiện thí điểm Ban quản lý Khu kinh tế Vân Đồn là 3 năm, kể từ ngày quyết định này có hiệu lực thi hành. Sau 3 năm triển khai mô hình thí điểm, UBND tỉnh Quảng Ninh tiến hành tổng kết, đánh giá kết quả thực hiện, báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ theo quy định.
Trước đó, ngày 26.2.2020, UBND tỉnh Quảng Ninh công bố đồ án quy hoạch điều chỉnh Khu kinh tế Vân Đồn với tầm nhìn đến năm 2040, được Thủ tướng phê duyệt theo quyết định ngày 17.2.2020, hứa hẹn đưa Vân Đồn trở thành một trung tâm du lịch sinh thái biển và là đầu mối giao thương quốc tế.