Theo Tổng Kiểm toán nhà nước Hồ Đức Phớc, KHKT năm 2021 của KTNN được xây dựng với một số định hướng chính: Ưu tiên lựa chọn kiểm toán tại các đơn vị quản lý tài chính tổng hợp ở Trung ương và địa phương để đánh giá việc thực hiện các cơ chế, chính sách quản lý tài chính, ngân sách và đầu tư trong cả giai đoạn 2015-2020.
KTNN tăng cường số lượng các cuộc kiểm toán để xác nhận quyết toán ngân sách nhà nước (NSNN) hàng năm của các bộ, cơ quan Trung ương và địa phương theo quy định của Luật NSNN năm 2015 và Chiến lược phát triển KTNN đến năm 2030. Lựa chọn kiểm toán đối với một số chuyên đề kiểm toán có phạm vi rộng, được dư luận xã hội quan tâm để tổ chức thực hiện trong toàn ngành nhằm đánh giá toàn diện việc thực hiện các chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước xuyên suốt từ Trung ương đến địa phương.
Theo đó, KTNN sẽ thực hiện kiểm toán việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công 18 bộ, ngành, cơ quan Trung ương và kiểm toán ngân sách địa phương 52 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
KTNN tổ chức thực hiện 6 cuộc kiểm toán hoạt động, trong đó tập trung kiểm toán các chủ đề liên quan đến bảo vệ môi trường, xử lý rác thải, chống biến đổi khí hậu và hoạt động tín dụng cho người nghèo, nhà ở xã hội...
KTNN cũng tổ chức thực hiện 26 cuộc kiểm toán chuyên đề, trong đó có 03 cuộc kiểm toán chuyên đề phạm vi rộng như chuyên đề “Việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017-2020”, chuyên đề “Hoạt động quản lý môi trường tại các Ban Quản lý các khu kinh tế và khu công nghiệp giai đoạn 2017-2020”, chuyên đề “Công tác quản lý thu, việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết giai đoạn 2017 - 2020 trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương”.
Đặc biệt, KTNN thực hiện 35 cuộc kiểm toán dự án đầu tư, trong đó có nhiều dự án lớn, được dư luận quan tâm như: Dự án xây dựng một số đoạn đường bộ trên tuyến Bắc - Nam phía Đông giai đoạn 2017 - 2020; Dự án thu hồi, bồi thường, hỗ trợ tái định cư Cảng hàng không Quốc tế Long Thành; Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Nội Bài; Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất; Các dự án thủy lợi (Dự án Hồ chứa nước Cánh Tạng; Dự án Hồ chứa nước Bản Lải giai đoạn 1; Dự án hệ thống thủy lợi Cái Lớn - Cái Bé giai đoạn 1; Dự án Hồ chứa nước Krông Pách Thượng); Dự án đường ống Nam Côn Sơn 2 - giai đoạn 2; Dự án đường ống thu gom, vận chuyển khí mỏ Sao Vàng - Đại Nguyệt; Đường dây 500/220kV Nho Quan - Phủ Lý - Thường Tín; Đường dây 500/220kV Hiệp Hòa - Đông Anh - Bắc Ninh 2; Đường dây 500kV Quảng Trạch - Dốc Sỏi; Đường dây 500kV Dốc Sỏi - Pleiku 2; Dự án giải quyết ngập do triều khu vực Thành phố Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1)…
Trong lĩnh vực doanh nghiệp và tổ chức tài chính - ngân hàng, KTNN thực hiện 25 cuộc kiểm toán, gồm Ngân hàng Nhà nước; 17 Tập đoàn, Tổng công ty; 4 ngân hàng và 3 doanh nghiệp có vốn Nhà nước dưới 50%. KTNN lựa chọn các Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước có quy mô lớn để kiểm toán báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản Nhà nuớc năm 2020 kết hợp với việc đánh giá công tác cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước, trọng tâm là Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước nhằm đánh giá thực trạng công tác quản lý tài chính và cổ phần hóa, thoái vốn đầu tư của Nhà nước tại các đơn vị được kiểm toán; ưu tiên kiểm toán việc thực hiện các Nghị quyết Trung ương, Quốc hội về sắp xếp, cổ phần hóa và nâng cao hiệu quả doanh nghiệp Nhà nước; kiến nghị xử lý các doanh nghiệp Nhà nước thua lỗ; đầu tư ngoài ngành, đầu tư ra nước ngoài không hiệu quả…
