Theo đó, về việc thực hiện bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, điều động, luân chuyển cán bộ quản lý, kết luận nêu rõ ACV đã có quy định về phân cấp quản lý cán bộ nhưng phần lớn các chức danh lãnh đạo, quản lý đều do Ban Thường vụ Đảng uỷ, HĐQT và Tổng giám đốc ACV quyết định, chưa có sự phân cấp mạnh xuống các đơn vị trực thuộc.
Thanh tra Bộ GTVT cũng chỉ ra rằng từ 1.4.2016 (thời điểm chuyển sang hoạt động theo mô hình CTCP) đến thời điểm thanh tra, ACV đã bổ nhiệm tổng cộng 172 trường hợp giữ các chức vụ lãnh đạo, quản lý các cấp (bao gồm cả chuyển đổi chức danh).
Trong đó, năm 2016 có 50 trường hợp, năm 2017 có 16 trường hợp (8 cán bộ cấp Ban và 8 cán bộ cấp Phòng do kiện toàn nhân sự CHK quốc tế Nội Bài, Ban Thư ký, Văn phòng điều hành Dự án CHK quốc tế Long Thành mới được thành lập).
Năm 2018, ACV bổ nhiệm 106 trường hợp, trong đó, 53 trường hợp trình để bổ nhiệm từ năm 2016, 2017. Cụ thể, tháng 2/2018 có 2 trường hợp, ngày 13.4.2018 có 11 trường hợp, ngày 26.5.018 có 26 trường hợp và ngày 19.6.2018 có 67 trường hợp.
Kết quả kiểm tra cho thấy tất cả các trường hợp được bổ nhiệm, điều động bổ nhiệm, chuyển đổi chức danh đều được Ban Thường vụ Đảng uỷ và HĐQT ACV thống nhất thông qua, có ban hành Nghị quyết trước khi Chủ tịch HĐQT hoặc Tổng giám đốc ban hành quyết định bổ nhiệm đúng thẩm quyền theo phân cấp và chưa phát hiện trường hợp bổ nhiệm nào trong các đợt bổ nhiệm năm 2018 vượt quy định về số lượng cấp phó.
Các trường hợp bổ nhiệm, điều động bổ nhiệm đều thực hiện theo quy trình nhưng trong quá trình thực hiện vẫn còn một số tồn tại, hạn chế khi làm hồ sơ bổ nhiệm. Việc lưu trữ hồ sơ bổ nhiệm chưa bảo đảm khoa học.
Kết luận Thanh tra của Bộ chỉ ra mặc dù được sự phê duyệt của Ban Thường vụ Đảng uỷ, Chủ tịch HĐQT ACV trước khi Tổng giám đốc ký các quyết định bổ nhiệm đối với 67 cán bộ quản lý vào ngày 19.6.2018 (có hiệu lực từ ngày 1.7.2018) nhưng thời điểm thực hiện việc bổ nhiệm trùng với thời điểm đồng chí Lê Mạnh Hùng, Tổng giám đốc ACV đã có thông báo nghỉ hưu theo chế độ nên đã tạo dư luận không tốt, ảnh hưởng đến uy tín chung.
Bộ GTVT yêu cầu ACV khắc phục những tồn tại, hạn chế và rà soát để quy định theo hướng tinh gọn bộ máy tổ chức, giảm dần cấp trung gian; tăng cường phân cấp quản lý cán bộ xuống cơ sở để gắn trách nhiệm với cấp uỷ, người đứng đầu đơn vị; đồng thời phải có quy định rõ về chế độ trách nhiệm và kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc thi hành quy chế, quy định nội bộ.