Theo Quyết định thành lập, Trường Đại học Y Dược có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; thực hiện tự chủ theo quy định của Chính phủ; chịu sử quản lý trực tiếp của ĐH Quốc gia HN, quản lý nhà nước về giáo dục đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo và quản lý về lãnh thổ của Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội.
Việc Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thành lập Trường ĐH Y Dược là hiện thực hóa truyền thống đào tạo Y Dược của Đại học Đông Dương – đơn vị tiền thân của ĐH Quốc gia HN và cũng là những bước hoàn thiện mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực phù hợp với xu thế chung của các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới.
Theo GS.TS Thầy thuốc Nhân dân Lê Ngọc Thành – Chủ nhiệm Khoa Y Dược, nay là Trường ĐH Y Dược, ĐH Quốc gia HN: "Việc thành lập Trường Đại học Y Dược trên cơ sở nâng cấp Khoa Y Dược là phù hợp chủ trương của Đảng và Nhà nước, phù hợp với xu hướng các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới, phù hợp với chủ trương xây dựng và hoàn thiện cơ cấu đa ngành, đa lĩnh vực của ĐH Quốc gia HN, góp phần phát triển và hoàn thiện hệ thống y tế quốc gia; đào tạo đội ngũ cán bộ khoa học y - dược, quản lý y tế chất lượng cao, góp phần vào sự nghiệp bảo vệ và chăm sóc khỏe nhân dân và góp phần tạo hiệu quả trong công cuộc xây dựng và phát triển ĐH Quốc gia HN nói riêng và phát triển kinh tế - xã hội nói chung".
Khác với các trường đào tạo y dược khác, Trường Đại học Y Dược thuộc ĐH Quốc gia HN là một tổ hợp đào tạo, nghiên cứu và dịch vụ sức khỏe hoàn chỉnh, được xây dựng và hoạt động trên cơ sở kết hợp khoa học và công nghệ y dược hiện đại với thế mạnh của khoa học cơ bản và công nghệ của các trường đại học thành viên trong ĐH Quốc gia HN, đáp ứng yêu cầu cấp thiết hiện nay về nhu cầu nguồn nhân lực có trình độ cao phục vụ cho sự nghiệp chăm sóc, bảo vệ và nâng cao sức khoẻ nhân dân.
Trường ĐH Y Dược và Bệnh viện ĐH Quốc gia HN quy mô 1000 giường sẽ được xây dựng mới tại Hòa Lạc với tổng diện tích 25ha. Đặc biệt, sau khi được thành lập trường sẽ đáp ứng mô hình đại học định hướng nghiên cứu, đa ngành, đa lĩnh vực, có tính tự chủ cao của ĐH Quốc gia Hà Nội.
